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吉林省教育行政部门正式组建于1945年末。1945年12月，[[中国共产党]]在永吉县岔路河召开了吉林省人民代表会议，宣布成立吉林省政府；省政府下设教育厅，其内设机构包括秘书科、[[中等教育]]科、国民教育科、民族教育科和社会教育科等，负责组织管理和开展全省解放区的教育工作。省教育厅成立后，制定了[[教育]]方针、学制和课程标准等重大政策，开办各种干部教育学校和短训班，培养了大批军政干部 <ref>[http://jyt.jl.gov.cn/jysyfzgk/202005/t20200527_7242330.html 吉林省教育事业发展概况（2019年版）]，吉林省教育厅，2020-05-27</ref> 。

1985年，吉林省委、省政府撤销省教育厅和省高教局，决定设立吉林省教育委员会。新成立的省教委内设机构为办公室（含外事办公室、后勤办公室）、人事处（含评定职称办公室）、计划财务处、初等教育处、中等教育处、师范教育处、职业教育处、中专处、[[大学]]处、政教处、学生处、[[体育]]卫生处、工农教育处、成人教育处、民族教育处、督导室、机关党委办公室，另有省纪律检查委员会派驻的纪律检查组。为加强领导，1990年3月，省委决定成立中共吉林省委高等学校工作委员会（简称省高校工委）。省高校工委是省委的派出机构 <ref>[http://www.docin.com/p-555314557.html 吉林省教育机构设置情况]　，豆丁网，2012-12-16</ref> ，其内设部门为办公室、[[组织部]]、宣传部、党建部、高校纪工委。