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北京市自然科学基金（以下简称“市基金”）于1990年10月30日由北京市人民政府设立，围绕北京市经济社会发展的战略需求，坚持公开、公平、公正的工作原则，遵循尊重科学、发扬民主、激励创新、促进合作、凝聚资源、服务首都的工作方针，采取宏观引导、自主申请、平等竞争、同行评审、择优支持的遴选机制，资助自然科学和与自然科学相交叉的学科领域的基础研究、应用基础研究及其相关的环境条件促进活动，为本市战略性新兴产业培育、高技术产业发展，新兴学科与优势学科建设提供知识、技术和人才储备 <ref>[http://www.huaxia.com/gd/csdh/bj.html 北京简介 ]，华夏经纬</ref> 。

北京市自然科学基金委员会办公室（以下简称“基金办”）承担基金委的日常工作，负责自然科学基金资助工作的具体实施和管理，下设研究发展部、学科管理部、项目与成果管理部和综合管理部。其职能包括：组织基础性研究，提高创新能力，培养优秀人才。按照《北京市自然科学基金委员会章程》 <ref>[http://www.docin.com/p-323147493.html 北京市自然科学基金委员会章程 ]，豆丁网，2012-01-10</ref> 管理基金，制定相应管理办法，资助基础性研究项目、科技出版物、对华科技交流、学术会议和实验室建设。编制、发布《发展规划》、《项目指南》、《申请书》及相应软件，组织科技培训、咨询、服务、成果转让等。