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大理政权以回族将领为核心，以宗教上层组成中坚，以伊斯兰教作为团结群众的思想旗帜。在文职官员中，设有维持清真教掌教、都掌教、副都掌教、都掌教典籍等宗教领袖的官衔。杜本人“通回教经典”，常劝导回民“当遵守教义，能照圣经所行”。大力资助和发展经堂教育，并“设回文学校于帅府，时常亲自课读，出题使各生作文”.云南回变因清政府处置汉回冲突失当而起，但随着战争的扩大，事态迅速失控。对于当时的云南形势，清政府与大理政权的表述互相矛盾，互相指责。同治六、七年间，英属印缅政府曾派驻缅甸首府莫德勒的代表施乐登组成代表团出访大理政权，以期重开滇缅商路。代表团中担任代表团医官兼自然科学专家的约翰·安德生（John Anderson, M.D.），时为英属印度博物馆负责人。代表团由云南回到缅甸后，安德生撰有《滇西考察报告》（A Report on the Expdeition to Western Yunnan, via Bhamo）总结行程，作为受到大理政权李国纶部优遇、并全程未与清政府官方接触的英国科学家，安德生的报告中对于云南回变的起因与发展的描述（p138-p152）相对客观：“云南的叛乱，起因于回民的受到官府压迫，回教寺院被夺，引起宗教仇恨，爆发战争.

同治元年（1862）颁刊大元帅杜新镌的《宝命真经》阿拉伯文版30卷，为中国最早的《古兰经》木刻本。还下令修复和新建清真寺，仅大理城内便有清真寺五六座。同治六年（1867），杜文秀组织20余万人东征，围攻昆明。后因太平天国革命失败，清军调集优势兵力并分化瓦解大理政权各部，致使东征失败。1872年4月，杜文秀派遣使节刘道衡以班赛苏丹的名义向英女王献上四箱云南大理石块，表示贡上的是杜文秀统治的土地及其臣服英国的意愿并向英国驻印度殖民当局求援，结果英国当局认为杜文秀已经快要失败，没有什么政治利用价值，于是仅将石块送往伦敦博物馆了事（至今还在博物馆）<ref>《剑桥中国晚清史》</ref>。 同治十一年（1872）清军又集重兵围攻大理，大理政权粮尽弹绝。12月，杜文秀自服毒药后赴清营，被清军将领[[岑毓英]]、[[杨玉科]]所杀，葬在大理城郊下兑村。其墓修葺一新。云南穆斯林将杜文秀罹难日作为“亡人节”予以纪念。