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长期以来，医院坚持贯彻落实“[[科技]]兴院、人才强院”战略，在医教研管等各方面齐头并进。目前，医院的重点学科数量居于全市首位，拥有1个省医学重点扶持学科（血吸虫病科），1个省中西医结合重点建设学科（疼痛科），1个省十三五中医药重点专科（针灸科），1个浙江省区域专病中心建设单位（浙北-麻醉科），4个省市共建医学重点扶植建设学科（消化科、病理科、疼痛医学、心血管病学-冠心病方向）；24个市重点[[学科]]、6个市重点科技创新团队、4个市重点实验室。医院还成为了首批国家住院医师规范化培训基地、全国综合医院中医药工作示范单位、浙江省基层卫生慢性病适宜技术示范基地、5个省基层卫生适宜技术成果转化工程推广示范基地；另有12个市质控中心和嘉兴市医学情报站挂靠。设20个教研室，承担20所高校教学任务。2018年通过国家药物临床试验机构 <ref>[https://www.sohu.com/a/215692100_648361 「最新」全国药物临床试验机构已达625家（附列表）] ，搜狐，2018-01-10</ref> （GCP）资格认定（全市唯一），医院还是市本级唯一的传染病、结核病、血吸虫病防治定点医院。