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学院从1980年开始招收研究生，1985年获得硕士学位授权资格。现有生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学、营养与食品卫生学、内科学、外科学、急诊医学、儿科学、生理学、神经病学、卫生统计与流行病学、遗传学、思想政治教育学等12个硕士学位授予权学科，具有同等学力人员申请硕士学位的授权资格。生物化学、人体解剖学、风湿免疫病学、心血管内科学为自治区教育系统重点学科，药理学和生理学为自治区教育系统重点培育学科，消化病学、肾内科学为自治区卫生系统重点学科，急诊急救学为自治区卫生系统领先学科，人体解剖学实验室和医学生物化学实验室为自治区卫生系统重点实验室，人体解剖学为自治区示范课程,基础医学实验中心和公共卫生实验技术中心为自治区实验教学示范中心，人体解剖学、生理学、生物化学与分子生物学、流行病学、药理学、营养与食品卫生学、环境卫生学等7门课程为自治区精品课程。内蒙古基因诊断研究所、内蒙古应用解剖研究所、内蒙古消化病研究所、内蒙古高血压病研究所、内蒙古自治区全科医学培训中心、内蒙古自治区学校卫生人员培训基地以及包头市环境医学研究所等设在包头医学院。

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