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1979年筹建，1984年收治病人，1986年11月12日正式挂牌开院，1997年被国家卫生部评为三级甲等肿瘤医院，1998年被国家卫生部批准为“卫生部临床药理实验基地”，2013年被国家卫生计生委确认为肿瘤科国家临床重点专科建设项目 <ref>[https://www.sohu.com/a/193559497_456060 最新 | 230个国家重点专科项目名单出炉，都有哪些医院？ ]，搜狐，2017-09-21</ref> ，放射治疗科、中西医结合科被列为省级重点专科建设项目。2001年成立省肿瘤研究所合署办公。2016年成为福建医科大学附属肿瘤医院，2017年被列入福建省高水平癌症医学中心建设单位、国家住院医师规范化培训基地，2018获首批全国消化肿瘤MDT培训示范中心、[[中国医师协会]]腹腔镜外科医师培训基地、全国难治性疼痛规范化诊疗示范基地等，2019年获全国首个食管癌康复基地。2020年肿瘤和安宁疗护专科护士入选国家级临床教学建设基地。近几年连续获复旦版全国最佳专科（[[肿瘤学]]）排行榜提名医院、华东区肿瘤学专科榜第五名等。福建省癌症中心、福建省肿瘤防治研究办公室、福建省抗癌协会、福建省医学会肿瘤学分会、福建省医学会放射肿瘤学分会、福建省医学会妇科肿瘤学分会、福建省肿瘤放射治疗质量控制中心、福建省肿瘤化学治疗质量控制中心、福建省肿瘤免疫治疗质量控制中心、福建省核学会、[[福建医科大学肿瘤医院]]临床及专业教研室和中国抗癌协会鼻咽癌专业委员会均挂靠在福建省肿瘤医院。

建院30多年来，医院秉承“团结、严谨、敬业、奉献”的院训精神，在医疗技术、设备、[[服务]]、[[环境]]、人才培养、医疗管理和医院文化建设等方面都取得了跨越式发展。医院编制床位1600张，年收治肿瘤病人8万余人次，设有37个临床科室、28个病区、11个医技科室和14个肿瘤基础研究室（2个省级重点实验室）。现有职工2034人，专业技术人员1884人，其中正高职称116人，副高职称310人 <ref>[https://www.sohu.com/a/275581007_329846 医生职称等级划分标准是什么？医师如何升职称？ ]，搜狐，2018-11-15</ref> ，[[博士]]85人、硕士351人，教授、副教授74人，博士、硕士生导师43人。