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医院作为福建医科大学第二临床医学院、国家级住院医师规范化培训基地和省级医学继续教育基地之一，设有13个专业国家级住培基地、1个国家级专培基地、25个医学教研室。医院依托睡眠医学省高校重点实验室、视障辅助技术福建省高校工程研究中心、临床分子诊治研发中心、干细胞实验室和中心实验室，大力开展医学科学研究。“十三五”期间获各级科研课题立项400余项，承担国家重点项目子课题3项，获科技成果奖33项，其中省部级科技成果奖6项。