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中国科学院深海科学与工程研究所依靠深海工程技术与装备、实验平台和基础设施，结合所处的区位优势，开展相关深海科学问题研究。作为中国科学院在海洋科学与技术领域的总体单位，深海所不仅开展与深海有关的科学问题研究，同时以深海观测方法与仪器设备、深海潜器技术 <ref>[https://www.sohu.com/a/432564852_120912065 中国“奋斗者”号再探万米深海，制造一个深潜器到底有多难？] ，搜狐，2020-11-18 </ref> 、海洋资源开发与利用为主要研究方向，重点发展与海洋科学研究、深海开发结合密切的深海工程技术与装备，从装备、条件和设施上支撑开展深海科学和海洋工程的研究。 [1]

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院深海科学与工程研究所科研园区建设用地约109亩，科研园区总建筑面积50183.95平方米，生活辅助设施建设用地约90亩，生活园区134259.60平方米；截至2018年12月31日，全所在册职工192人，其中岗位聘用146人、项目聘用40人、博士后6人；全所下设2个研究部门，分设13个基本研究和技术支撑单元。 [2]

2013年，中国科学院深海科学与工程研究所“深海地质与地球化学研究室”、“深海极端环境模拟研究实验室”、“深海探测技术研究室”成立。 [3-5]

2014年10月，中国科学院深海科学与工程研究所“深海地球物理与资源研究室”成立。 [6] 12月，“深海信息技术研究室”成立。 [7] 同年，“海洋环流观测与数值模拟研究室”、“深海资源开发研究室”成立。 [8-9]

2016年3月，中国科学院深海科学与工程研究所“深海视频技术研究室”成立。 [10] 11月，研究所与海南中学顺利签署合作共建协议暨 “海南中学综合实践基地” 授牌仪式。 [11]

2017年8月，中国科学院依托深海所，筹建中国科学院深海技术创新研究院。 [2]

2018年2月，中国科学院深海科学与工程研究所与深圳华大生命科学研究院签署战略合作协议。 [12]   7月，海南省“海智计划”中国科学院深海科学与工程研究所工作站正式揭牌成立。 [13] 11月，中国科学院深海科学与工程研究所与中国地质调查局 <ref>[https://www.sohu.com/a/443166331_114731 中国地质调查局公布海洋地质创新成果]，搜狐，2021-01-08</ref> 广州海洋地质调查局在深海所签署战略合作协议。