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中国农业科学院都市农业研究所现下设3个职能管理部门，分别为综合办公室、科技管理处、条件保障处；下设6个科研业务部门，分别为智能园艺装备研究中心、植物光生物学研究中心、功能植物与观赏植物培育研究中心、城市有机废弃物资源化利用研究中心、植物与人类健康研究中心、都市农业理论与规划研究中心。