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核研院设立学术委员会和国际顾问委员会，负责把握学术方向以及制定中长期研究规划等。根据学科特点与现有基础，核研院下设若干研究中心，核科学基础研究中心、核能研究中心、核技术研究中心、核化学研究中心、核医学与工程研究中心、核政策与法律研究中心。