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浙江大学医学部公共卫生学院历史悠久，最早可追溯到1924年在浙江公立医药专门学校开设公共卫生相关课程。1931年设立公共卫生教研室，是国内最早设置的公共卫生学科（系）之一。1950年建系时设有劳动卫生学等6个二级学科 <ref>[https://www.sohu.com/a/230462900_623714 什么是一级学科、二级学科、国家重点学科？附名单！]，搜狐，2018-05-04</ref> 。1979年成为国家首批有权招收硕士研究生的单位之一。1985年与国家环保局共建成立杭州环境与健康科学研究所。1994年成立浙江医科大学公共卫生学院。1998年，原浙江大学、浙江医科大学、杭州大学、浙江农业大学四校合并组建新浙江大学，次年更名为浙江大学医学院公共卫生系也即是现在的浙江大学公共卫生学院。2009年6月，浙江大学成立医学部，公共卫生系（暨公共卫生学院）升格为学校中层机构。2009年被[[国家人事部]]批准为公共卫生与预防医学博士后流动站。2011年被[[国务院]]学位办公室批准为一级学科博士学位授权点。

学院设有流行病与卫生统计学系、社会医学系、卫生毒理学系、营养与食品卫生学系、环境医学系等5个系，涵盖劳动卫生与环境卫生学、流行病 <ref>[https://www.sohu.com/a/391215574_120684911 历史上最严重的20种流行病和大流行 ]，搜狐，2020-04-26</ref> 与卫生统计学、社会医学与卫生事业管理、全科医学、康复医学、[[医学]]营养等专业方向。拥有2个省级重点学科，2个省级医药卫生重点学科，1个省级重点实验室，3个校级研究所，另建有公共卫生实验教学中心（浙江省实验教学示范中心）、临床流行病学中心、营养与健康咨询中心、[[心理]]卫生与行为治疗中心、公共卫生检验检测中心、卫生政策学研究中心、肥胖与人体组成研究中心、伤害控制研究中心、控烟研究中心。