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学院设“数学”、“物理学”、“化学”、“生命科学”、“计算机科学”、“生物医学科学”六个理科方向及工科方向。作为实验特区，上海交通大学将集全校之力，在招生、培养、管理等方面采取有力的政策和措施，并由校长张杰院士亲自兼任学院院长。学院将依托我校强大的理工科优势及学校新成立的“自然科学研究院”和“人文艺术研究院”以及Med－X研究院、系统医学研究院等科研平台办学；秉承我校“起点高，基础厚，要求严，重实践，求创新”的优秀教学传统，参照国际一流大学办学理念和经验制定全新培养计划，同时聘请国际顶尖学者参与培养全过程。