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农业部兽医公共卫生重点开放实验室前身为始建于2006年的中国农业科学院人兽共患病重点实验室，由中国农业科学院哈尔滨兽医研究所动物疫病实验室和兽医生物技术国家重点实验室相关研究组合并组建。2008年正式批准成立农业部兽医公共卫生重点开放实验室。