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<li>臺北市傑出市民（2003年）</li> <li>行政院衛生署二等衛生獎章（2004年）</li> <li>國立臺灣大學研究貢獻獎（2004年）</li> <li>國立臺灣大學醫學院附設醫院傑出研究貢獻獎（2005年）</li> <li>國立臺灣大學醫學院附設醫院教材著作優良獎（2006年）</li> <li>國立臺灣大學醫學院附設醫院教材著作傑出獎（2007年）</li> <li>行政院衛生署疾病管制局防疫貢獻獎（2007年）</li> <li>有庠傑出教授獎醫療技術類（2008年）</li> <li>國立臺灣大學傑出社會貢獻獎（2009年）</li> <li>行政院一等功績獎章（2010年）</li> <li>衛生署疾病管制局防疫貢獻獎（2011年）</li> <li>行政院勞動委員會國家人力創新獎個人獎－A+經理人（2012年）</li> <li>國立臺灣大學教學傑出獎（2014年）</li> <li>衛生福利部一等衛生福利獎章（2014年）</li> <li>國立臺灣大學醫學院醫學系優良導師（2018年）</li> <li>國立臺灣大學教學優良獎（2019年）</li> <li>教育部師鐸獎（2020年）</li>