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在1877年， 他 內村 成為日本第一所以英文為主要授課語言的學校，札幌農學校（即今北海道大學）的學生。 內村鑑三與[[八田與一]]的恩師[[廣井勇]]，同樣是在 向日本政府申請成立 札幌農 業 學校 求學期間成為基督徒。的是[[威廉·史密斯·克拉克]]， 一位 畢業於安默斯特學院的外籍講師， 一直向日本政府申請成立札幌農學校。 而 他 克拉克 最初成立札幌農學校的主要用途是傳授農業科技。克拉克 也 是一個致力於通過聖經班傳受基督教領袖的基督教傳教士。 內村鑑三受到他的影響，決定留下跟他學習 。在先輩的壓力下 ， 內村鑑三在他一年級時簽了約 並在1878年時， 即他16 即16 歲那年接受了衛理宗的洗禮。  內村鑑三與[[八田與一]]的恩師[[廣井勇]]，同樣是在札幌農業學校求學期間成為基督徒。札幌農校畢業後， 由於 內村的基督徒友人分別在不同宗派的教會受洗， 他 們想結合眾力，組織一所獨立教會；然而這種行動，卻引起內村母會「衛理傳道會」外國傳教士的不滿，因而成為其 不滿意教會的使命及立場， 和他的 乃至 日 本朋友合力在札幌建立 後進 一 個獨立的奇特教會。本試驗變成了現在稱為 步發展「 無教會主義 」的原因 。通過克拉克對他的教誨，這一小群人都相信能夠獨立實踐基督教信念，沒有依賴於一個機構或神職人員。 

內村鑑三身為一位虔誠的基督徒卻不曾忘記他的「根」，他曾說過自己生命中有兩個他所愛的「J」，一是日本（Japan）、一是耶穌（Jesus），將終其一生侍奉這兩個「J」。 由此可見，內村鑑三在信奉基督教之後，反倒對日本傳統的精神思想、價值觀有了全新及更深的體會。身為武士之子的他，將日本傳統的精神思想視為「本樹」 ，正如德文版後記中所述 ，日本並非僅僅是受到基督教影響的「接枝」。這份愛惜本國文化的心不分國界，值得所有人學習。