建国初期校长为杨德斋， 医学院长张汇泉。1952年9月，根据华东高等学校调整方案，撤销齐鲁大学，理科及文科部分人员并入山东师范学院，部分文科人员并入山东大学，医科部分人员并入山东医学院。

在中国共产党领导的山东解放区， 高等教育事业也有一定发展。1945年10月筹办了设在临沂的山东大学。 1946年4月华中建设大学从苏皖迁到山东，并入临沂的山东大学。合并后，肄业学员达到2000人，设置政治、财政、教育、工矿、医学、农村、交通、 文学等8系。1946年11月25日，华东局在鲁中创办华东军政大学，设置军事、政治、 文艺3系，并于1948年4月开办大学预科。1948年8月，在潍坊成立华东大学，同时同地开办华东第二高级工业学校，筹设机械工程、土木工程、电机、地质、化学、染织等专科。此外，华东局在新四军军医学校基础上创设华东白求恩医学院。中国共产党领导的山东省政府还兴办了山东农业专科学校。据1949年统计，山东解放区已拥有包括文、 理、工、农、医、师范在内的各种类型的大专院校6所。建国后，这些高等院校的师生，成为接管、改造旧大学，建设新大学的骨干力量。

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