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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px"> [[ 李鎮源 ]] 在1986年從 [[ 台大醫學院 ]] 退休，並立刻被任命為醫學院的名譽教授。1990年3月， [[ 台灣 ]] 爆發[[野百合學運]]，上萬名的學生以「解散[[國 民大會]]、廢除[[臨時條款]]、召開[[國是會議]]、擬定政經改革表」四大訴求，在[[中正紀念堂]]絕食、靜坐抗議；將近八十高齡的 [[ 李鎮源 ]] 首次走出研究室，陪著學生靜坐，並為學生打氣。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">1991年， [[ 李鎮源 ]] 又與十多位醫學院同仁到[[土城看守所]]探視被以[[中華民國刑法]]「預備叛亂罪」拘禁的[[李應元]]和[[郭倍宏]]。這兩 位都是台灣大學的畢業生，也是[[台獨聯盟]]的重要幹部。之後， [[ 李鎮源 ]] 深感「[[懲治叛亂條例]]」與「[[中華民國刑法第一百條]]」一直是[[中國國民黨]]打壓政治異己的統治工具，也嚴重阻 礙 [[ 臺灣 ]] 的民主發展與憲政運作。因此，他於1991年9月領導成立 「100 「[[100 行動聯盟 ]] 」，主張廢除 [[ 中華民國 ]] 刑法第100條。他以中研院院士的身分走入靜坐人群，在鎮暴警察的驅趕和包圍中，帶領100行 動聯盟達成廢除對人權缺乏保障的「 [[ 預備陰謀內亂罪 ]] 」條文。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">1996年10月，主張 [[ 台灣 ]] 獨立建國的[[建國黨]]成立，「我想以有生之年貢獻給 [[ 台灣 ]] 這片土地，希望眼睛尚未闔上之前能夠見到 [[ 台灣 ]] 獨立建國 成功，這是我的夢！」當時已年屆81高齡的 [[ 李鎮源 ]] ，抱持著這樣的想法，接下了該黨第一任主席的重擔。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2000年4月7日， [[ 李鎮源 ]] 等 [[ 建國黨 ]] 創黨元老23人召開[[ 記者會]] ，以 [[ 建國黨 ]] 的階段性任務完成為由，宣布集體退出 [[ 建國黨 ]] 。 [[ 李鎮源 ]] 說，獨派支 持的[[陳水扁]]與[[呂秀蓮]] 在[[2000 在2000 年中華民國總統選舉]] 當選正副總統， [[ 建國黨 ]] 已完成階段性任務，他們無必要留在建國黨內，以免受「 [[ 台灣 ]] 人分裂不能作夥」之譏；今後他將與包括[[陳水 扁政府]]在內之朝野各界為 [[ 台灣 ]] 前途團結一致，抗拒 [[ 中國 ]] 併吞，保衛 [[ 台灣 ]] 主權；過去他就沒加入[[民主進步黨]]，未來他也沒想過要加入 [[ 民進黨 ]] ；如果 [[ 陳水扁 ]] 要他出任[[總統府資政]]或[[國策顧 問]]，為了國家的將來，他會接受。 [[ 建國黨 ]] 決策委員[[劉明松]]與一群 [[ 建國黨 ]] 支持者前往記者會會場抗議， [[ 劉明松 ]] 等人怒批 [[ 李鎮源 ]] 等23人「創黨也是你們，退黨也是你們」、「為何全台串聯十幾 天只串聯這些人」， [[ 建國黨 ]] 第一任秘書長[[李勝雄]]堅持只有[[ 記者]] 才能發問，雙方僵持不下，記者會草草結束。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2001年5月26日， [[ 李鎮源 ]] 因罹患[[骨髓增生不良症候群]]及氣喘等疾病住院。隔日獲[[賴和文教基金會]]頒發[[賴和獎]]特別獎。當時已因病 住進 [[ 台大醫院 ]] 的他，仍堅持坐著[[ 輪椅]] 親自受獎，並用顫抖的聲音一再叮嚀 [[ 台灣 ]] 所有的醫師要重視醫德，並呼籲學界要讓 [[ 台灣 ]] 文化重生。該年11月1日，罹患急性白血病的 [[ 李鎮源 ]] 因[[氣喘]]併 發[[肺炎]]，於 [[ 台大醫院 過 ]]辭 世。</p>