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蕭泰然出生於高雄市鳳山區，祖父是長老教會的傳道師，父親蕭瑞安為留日齒科醫師，同時也是長老教會長老；母親蕭林雪雲則是早期留日鋼琴家。因此，蕭泰然自幼便沉浸在教會音樂及西洋古典音樂環境中，五歲時由母親啟蒙彈琴，七歲即公開演奏。高雄中學初中部畢業後，他考進臺南的教會學校長榮中學，引發他未來走向音樂的志向。曾短暫於留日鋼琴家高錦花及聲樂家[[ 高雅美]] 門下學習，並於 1956年考入[[ 臺灣省立師範學院]] 音樂專修科（今[[國立臺灣師範大學]]音樂系前身），二年後至[[澎湖]]白沙中學任教。