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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2006年，台北地方法院審理總統府前副秘書長[[陳哲男司法黃牛及炒股案]]，發現 [[ 余連發 ]] 與 [[ 陳哲男 ]] 共同涉及 [[ 燁隆 ]] 、 [[ 燁聯 ]] 及聯鋼重工等三家公司內線交易案，要求檢方偵查。經國防部調查，發現余家買股資金與收入不符，借貸來源交待不清，質疑 [[ 余連發 ]] 在擔任憲兵司令任內，情報費用可能有部分與炒股案有關，但專案小組向國安局要求查帳，被 當 時 的 任 國安局長[[薛石民]]拒絕。案發時 [[ 余連發 ]] 向時任國防部長[[李傑]]報告，是妻子投資與他無關，也表示所有股票都沒賣，他當時並未細看財產申報資料。全案經李傑向陳水扁總統報告，最後以余連發財產申報不實結案。</p><ul style="line-height:30px;margin-left:20px; list-style-position:outside;"><li><b style="margin-right:5px;"></b> ''' 上海印刷廠掏空案</li></ul>'''<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2009年，時任[[上海印刷廠]]總稽核 [[ 李榮元 ]] 供出曾轉交30元支票給律師 [[ 蔡茂松 ]] ，他懷疑這筆錢和前軍情局長 [[ 余連發 ]] 有關。最後由最高法院檢察署特偵組、[[台北地方法院 ]] 檢察署]] 及國防部高等軍事法院檢察署共同偵辦，因余連發時仍具現役軍人身分，由高等軍事法院檢察署業依聯合專案小組調查事證，認並無證據足認其涉有不法，於2010年9月21日予以不起訴處分。</p>