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2000年9月，经江苏省人民政府批准，公司整体变更为“江苏恒宝股份有限公司”。
2002年，公司先后获得“金融COS”等多项软件著作权和中国专利 <ref>[https://www.sohu.com/a/238929019_100206183 零基础读懂专利是什么] ，搜狐，2018-07-02 </ref> ，被认定为江苏省软件企业，当选为镇江市软件企业协会副会长。
2004年，公司管理总部移师北京，先后投资成立北京恒宝信息技术有限公司、恒宝软件技术有限公司两个控股子公司。
2008年，公司博士后工作站通过国家人力资源和社会保障部申报工作。在2008年的申报中，全国共有800多家企业提交申请，国家人力资源和社会保障部经组织专家初审、复审后，最终只有300多家企业申报通过，其中包括：恒宝股份。
2009年2月，获得丹阳市云阳镇人民政府颁发的“纳税先进单位”、“先进党组织”、“技改先进单位”、“2008年度荣获自主知识产权和发明专利企业”、“2008年度荣获江苏高新技术企业 <ref>[https://www.sohu.com/a/253826568_99936895 什么叫高新技术企业？] ，搜狐，2018-09-14</ref> ”、“工会工作先进集体”、“劳动保障工作先进集体”“科技工作先进集体”等荣誉称号。
2009年，荣获“镇江市文明单位”称号，荣获“丹阳市先进党组织”称号，荣获云阳镇“先进党组织”、“纳税先进单位”、“技改投入先进单位”、“工会工作先进集体”、“共青团工作先进集体”、“劳动保障工作先进集体”、“科技（科协）工作先进集体”等九项殊荣。