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臺北榮民總醫院臺東分院為行政院退輔會為照顧臺東地區之榮民及其眷屬的就醫問題，乃於1986年12月1日委託轄下的[[花蓮縣]][[鳳林鎮 (臺灣)|鳳林鎮]][[鳳林榮民醫院]]於臺東市勝利街2號[[臺東榮民服務處]]成立榮民診所<ref name="馬蘭健康快樂服務園區"/>。1990 後於1990 年起，因應臺東地區榮民向退輔會陳情希望擴大榮民診所看診服務，因此退輔會將此案陳報衛生署（今[[衛生福利部]]）後，就地成立「鳳林榮民醫院臺東分院」<ref name="退輔會"/><ref name="臺北榮總臺東分院"/>。

2004年3月位於馬蘭榮民之家內的臺東榮民醫院新院址正式動工，新院址採[[鋼筋]][[混凝土]]結構設計，設有地下一層與地上四層，配置診療間10間、急診室、[[加護病房]]、100床普通病房、15床洗腎室、HEPA1,000級手術室3間。屋外設施包含有[[污水處理廠]]、病理解剖室及停車場等，總基地面積為2.1公頃，樓板面積約有1萬平方公尺<ref name="林同棪"/>。2005年5月2日臺東榮民醫院新址落成啟用，經衛生署核准登記地址改至新址的臺東市更生路1000號。12月南區會屬醫療安養及服務機構聯席會報中，指示由[[高雄榮民總醫院]]經辦臺東榮民醫院新院區的未來經營規劃，並隨即由高雄榮總成立經管小組，增設醫療科別以擴大醫療服務<ref name="自由時報"/>。2005年6月21日臺東榮民醫院新院區由時任行政院院長[[謝長廷]]南下主持啟用典禮，總投資經費達[[新臺幣]]3億4千6百萬元<ref name="大紀元"/>。2005年底臺東榮民醫院委由高雄榮民總醫院經營下，因行政權責上並無上下隸屬關係，導致院務推動並不順暢，短短一年即宣告破局，也因此臺東榮民醫院又展開併入臺北榮民總醫院成為其轄下之分院之一的推動作業。並於期間開始以作為臺北榮總之分院的腳色發展分院醫療特色，臺東榮民醫院以「[[癌症]]轉診治療平台」作為特色經營，於2012年7月開始試營運<ref name="自由時報"/>。

2005年底臺東榮民醫 第二期工程於勝利路2號的舊 院 委由高雄榮民總醫院經營下，因行政權責上並無上下隸屬關係，導致院務推動並不順暢，短短一年即宣告破局，也因此臺東榮民醫院又 區於完成遷址後逐 展開 併入臺北榮民總醫 改建工程，項目包含將部分 院 成 內空間整建 為 其轄下之分 醫 院 同仁 之 一 宿舍及外部 的 推動 停車場整建 作業 ，全部項目於2005年12月完成<ref name="林同棪"/> 。 並於期間開始以作  勝利院區則在2006年3月底獲得衛生署核准設立精神病房急性病床20床、慢性病床76床，自此轉型 為 臺北榮總之分院的腳色發展分院 精神 醫療 特色 園區 ， 成為 臺東 榮民 縣境內精神醫療人力及病床數最多的 醫院 以「，亦是縣內[[ 癌症精神科]] 轉診治 緊急醫 療 平台」作為特色經營，於2012年7月開始試營運的責任醫院<ref name="自由時報"/><ref name="臺北榮總臺東分院"/>。

臺北榮民總醫院臺東分院於近年開始轉型為全功能性社區醫院，陸續開辦整形外科及婦女醫學科等<ref name="中時電子報"/>，並於2016年12月9日臺東分院斥資新臺幣600萬元改建院內空間的「[[美容]]醫學暨健檢中心」正式開幕，中心內設有治療室4間、諮詢室2間<ref name="台灣好新聞2"/> 。2018 。2018 年3月臺東分院配合政府推動之長照2.0政策，經過1年規劃後斥資新臺幣500萬元成立幸福居老人日間照顧中心，成為繼[[台東聖母醫院]]後臺東縣境內第二間政府立案的日照中心，以提供長輩及[[失智症]]患者，全面性的照顧服務<ref name="台灣好新聞"/>。  幸福居老人日間照顧中心為B級複合型服務中心，設有多功能活動室、休憩室、活力坊、天空花園等空間總占地面積約有110坪，能提供24名長輩生活照顧與文康休閒活動<ref name="台灣好新聞"/>。