余清芳等人常在今日台南市一個叫做「西來庵」的王爺廟聚會，密謀起事，此事件也被稱為「'''西來庵事件'''」。他們原訂在公元一九一五年的陽曆八月(農曆七月)發動戰爭，但在這一年陽曆五月底就為日本殖民政府所覺察，六月底羅俊被捕，余清芳等核心參與者決定與江定等地方領袖所領導的武裝組織聯合。在此一武裝抗爭事件中，參與抗爭的人雖然遍及台灣的北、中、南部，但絕大部分的人是住在台南和高雄山區，而武裝衝突也以這些地區的十五個村庄為主，包括沙仔田、芒仔芒、竹圍、三埔（以上四村位於今台南縣玉井鄉），岡仔林、內庄仔庄、左鎮（以上四村位於今台南縣左鎮鄉），菁埔寮、中坑、南庄、北寮、竹頭崎（以上五村位於今台南縣南化鄉），以及阿里關、大邱園、茄苳湖（以上三村位於今高雄縣甲仙鄉）的十五個村庄(見圖一)。就地理環境而言，這些地區形多為丘陵與高山；以住民的背景來說，一九一五年時當地有閩南人、客家人與平埔族共居。

從一九一五年陽曆七月初開始，[[余清芳]]和[[江定]]發動了一連串的攻擊事件，燒毀許多派出所，殺害數十名日本和台灣警民。八月初，日本警察和軍隊反攻，雙方在噍吧哖虎頭山兵鋒交接，余清芳等人不敵日本的機關槍和大砲，死傷慘重。日方軍警隨後在附近村庄，以及余清芳等人逃亡藏匿的山區進行大規模的搜捕行動，燒毀許多民房，並有一些百姓遭到報復性的殺害。八月二十二日，余清芳被捕，並且在九月二十三日被處以死刑。不過，由於江定等人仍然在逃，日本政府為了避免南化地區的村民暗中資助他們，因此一方面派人繼續搜捕，另一方面則將此一地區的大部分居民遷到噍吧哖庄暫住。到了十月初，日人更嘗試派遣參與起事者的家眷婦女、兒童，攜帶口糧上山尋找及勸降，但這個方法並沒有收到任何的效果。到一九一六年四月，殖民政府才透過地方人士的交涉，說服江定自首。江定等人於一九一六年九月被處以死刑，噍吧哖事件終告落幕。