此次風災中雖造成東基醫療財團法人轄下各單位嚴重損失，但台東基督教醫院仍維持急診、住院、洗腎等部間段的醫療服務，也因此於7月7日晚間起陸續有傷患因玻璃割傷湧入基督教醫院。截至風災第二日，7月8日晚間10時之間，基督教醫院即收治共196名患者<ref name="基督教論壇報"/><ref name="中時電子報"/>。
== 組織架構 ==
=== 醫療部門<ref name="台東基督教醫院1"/> ===
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;內科系
*一般內科
*胸腔內科
*血液暨腫瘤內科
*腎臟內科
*肝膽腸胃科
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;家庭醫學科
*家醫科
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;老年醫學科
*老年醫學科
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;耳鼻喉科
*耳鼻喉科
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;放射科
*放射科
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;外科系
*一般外科
*消化外科
*胸腔外科
*骨科
*泌尿科
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;腦、脊椎神經外科／兒童神經外科
*腦、脊椎神經外科／兒童神經外科
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;婦產科系
*婦產科
*不孕症
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;小兒科系
*小兒科
*小兒神經科
*小兒胸腔科
*小兒過敏免疫科
*新生兒科
*小兒健檢
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;急診科
*急診科
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;癲癇科
*癲癇科
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;牙科
*一般牙科
*齒顎矯正
*兒童牙科
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;中醫科
*中醫科
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;眼科
*眼科
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;復健科
*復健科
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;感染科
*感染科
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;營養諮詢
*營養諮詢
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== 歷任院長 ==