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“微生物药物国家工程研究中心”是华北制药集团与[[云南大学]]省委生物研究所联合、2004年国家发改委批准建立的，在我室建立云南基地。实验室以微生物资源(放线菌、真菌、细菌及其基因资源为主)的发掘利用研究为中心，以从微生物中发现新的生物活性物质为重点，以研究极端环境微生物 <ref>[https://www.sohu.com/a/241782862_100150139 环境科学与微生物学的交叉学科方向–环境微生物学的最新发展 ]，搜狐，2018-07-18</ref> 和植物内生真菌资源研究为特色，为微生物医药、农药、酶、肥料等提供创新性成果，是以基础研究和应用基础研究并重的重点实验室。

实验室设有“国家南方农药创新中心上海基地云南工作站”，“中国云南省微生物研究所与德国天然产物研究所天然产物联合实验室”。实验室与本校兄弟单位一起设有微生物学[[硕士]]点、博士点，生物学一级学科博士授权点和博士后流动站。实验室对国内外开放，接受国内外访问学者、博士生、博士后 <ref>[https://www.sohu.com/a/408490414_120250211 硕士、博士和博士后有什么区别？]，搜狐，2020-07-20</ref> 人员，是培养和凝聚微生物资源研究创新人才的重要基地。