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1957年内蒙古大学建校时，设立蒙古语言文学系与历史系，开始培养国家和自治区所需专门人才。1962年成立专门从事蒙古语言、蒙古[[历史]]研究的科研机构——蒙古史研究室和蒙古[[语文]]研究室。1972年、1982年蒙古史研究室和蒙古语文研究室分别成为学校直属科研机构——蒙古史研究所和蒙古语文研究所。从此，内蒙古大学蒙古学研究进入了全面发展时期。1995年为了推动蒙古学学科群建设，学校组合蒙古语言文学系 <ref>[https://www.sohu.com/a/228585957_174487 博士生宣讲 | 蒙古语言文学系开讲 ]，搜狐，2018-04-17 </ref> 、蒙古语文研究所、蒙古史研究所、内蒙古近现代研究所及周边国家研究所等机构，成立蒙古学研究院。2000年更名为蒙古学学院，实行学院制管理。2010年学校以蒙古史研究所和内蒙古近现代史研究所为基础，成立了相对独立的教学科研机构——蒙古历史学系。

蒙古学学院拥有国家和自治区一流的教学科研设备。图书资料10万册，蒙古学学院大楼建筑面积4200平方米，在“九·五”“211工程” <ref>[https://www.sohu.com/a/225124567_100125206 史上最全面最详细的“211工程”介绍 ]，搜狐，2018-03-10 </ref> 建设期间蒙古学学院完成了“蒙文信息处理及网络”、“语音实验室”、“蒙古学文献信息中心”、“语言文化田野调查及影视制作中心”、“[[多媒体]]电化教室”、“多媒体学术报告厅”、“蒙古民族文化陈列室”等基础设施的建设。优美的环境、一流的教学科研水平、浓厚的学术氛围培养出了一大批优秀的蒙古学人才及其他人才。