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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">甫就任北農總經理就被質疑其專業度，輿論也一直爭議不斷。上任之初於臺北市議會備詢，被民國黨籍市議員[[徐世勳]]質疑吳音寧是否看得懂財務報表，吳數度表示「我有認真在學習」，徐世勳追問北農營收成長率，吳卻答不出來，徐則提醒吳年薪超過140萬以上到250萬，年薪還包含獎金，要有經營管理的能力 <ref>{{Cite web|url=https://udn.com/news/story/6656/3024954|title=吳音寧不懂財報影片瘋傳 北農主秘：她已能掌握財務|accessdate=2018-03-12|author=張世杰|date=2018-03-11|publisher=聯合報|archive-date=2018-03-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180312083244/https://udn.com/news/story/6656/3024954|dead-url=no}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://tcckm.tcc.gov.tw/tccgazFront/gazatte/gazette_browse.jsp?main_id=848|title=台北市議會公報 第109卷第5期|accessdate=2018-06-27|archive-date=2018-06-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180612140608/http://tcckm.tcc.gov.tw/tccgazFront/gazatte/gazette_browse.jsp?main_id=848|dead-url=no}}財政建設部門質詢第13組</ref> 。有評論認為，北農在全國農產販售中具指標性，近[[2018九合一大選]]，對於執政及在野各方而言，透過影響及引導輿論來爭取自己屬意的人選出線與選民支持都十分重要，吳音寧也因此不斷遭到政治人物及輿論的攻擊。<ref>{{cite web|url=http://www.thinkingtaiwan.com/content/6996|title=北農風波中的性別與親屬修辭：看媒體如何把吳音寧幼體化|publisher=想想論壇|author=畢慕瑜|date=2018-06-10|accessdate=2018-06-12|archive-date=2018-06-14|archive-url=https://web.archive.org/web/20180614064453/http://www.thinkingtaiwan.com/content/6996|dead-url=no}}</ref></p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2017年中，臺北市市場處處長[[許玄謀]]做出[[臺北農產運銷果菜批發市場]]於2018年2月16日至3月7日之20日內休市11日的決定。但連休後產銷失衡與菜價下跌，引發社會對臺北市政府與吳音寧的批判；[[農委會]]副主委[[陳吉仲]]表示「為何做出此決策，北市應該要自己出來說明」，抨擊[[柯文哲市府]]處理問題的模式非常糟糕，[[臺北市政府]]亦坦承未注意。[[國立政治大學]]教授[[徐世榮]]認為柯文哲市府嫁禍北農與吳音寧，說休市決策是北市府市場處決定，當初臺北農產運銷公司也曾反對。<ref>{{cite news|author=|url=https://tw.appledaily.com/new/realtime/20180308/1310483/|title=政大教授痛批柯P「嫁禍吳音寧」　怒問：這種人還選他？|publisher=蘋果日報|date=2018-03-08|accessdate=2018-03-09|archive-date=2018-04-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180412075709/https://tw.appledaily.com/new/realtime/20180308/1310483/|dead-url=no}}</ref></p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年3月7日，市場處處長許玄謀電話通知吳音寧有「北市果菜批發市場8日開市因應措施」記者說明會，吳音寧未出席，被指為「神隱」，臺北市副市長[[陳景峻]]指責應該勇於承擔 <ref>{{cite news|author=王良博|url=https://www.upmedia.mg/news_info.php?SerialNo=36499|title=吳音寧從文青作家到踏入農運圈　果菜市場休市事件神隱挨轟|publisher=上報|date=2018-03-09|6=|accessdate=2018-06-06|archive-date=2018-06-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180612135822/https://www.upmedia.mg/news_info.php?SerialNo=36499|dead-url=no}}</ref> 。吳音寧於3月8日與農委會召開記者會表示當時菜車已在進場。她表示，3月8日到貨量為2370公噸，每公斤均價為19.9元，守住農委會每公斤18元均均價，較休市前為漲7.9%。吳音寧稱2018年2月27日當天為春節後五個交易日，蔬菜進貨量超過三千公噸，為十年來春節後五日交易量最高峰，成交價格也是十年來的第三高，仍維持平穩 <ref>{{cite news|author=蕭婷方|url=http://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/2359115|title=北農連休市後開記者會 強調今日蔬果價量穩定|publisher=自由時報|date=2018-03-08|6=|accessdate=2018-03-08|archive-date=2018-03-08|archive-url=https://web.archive.org/web/20180308063918/http://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/2359115|dead-url=no}}</ref><ref>{{cite news|author=蕭婷方|url=http://news.ltn.com.tw/news/Taipei/breakingnews/2359125|title=為何神隱多日？北農總座吳音寧：我比較歹勢、都在緊急調度|publisher=自由時報|date=2018-03-08|6=|accessdate=2018-03-08|archive-date=2018-03-08|archive-url=https://web.archive.org/web/20180308232315/http://news.ltn.com.tw/news/Taipei/breakingnews/2359125|dead-url=no}}</ref><ref>{{cite news|author=程士華|url=http://www.peoplenews.tw/news/074fd44a-9568-401a-838f-a1ed2b15afbf|title=休市3天後穩住菜價 吳音寧：沒什麼好委屈的|publisher=[[民報 (2014年)|民報]]|date=2018-03-08|6=|accessdate=2018-03-08|archive-date=2018-03-09|archive-url=https://web.archive.org/web/20180309054045/http://www.peoplenews.tw/news/074fd44a-9568-401a-838f-a1ed2b15afbf|dead-url=no}}</ref> 。[[高雄市]][[美濃區]]農會總幹事鍾清輝則認為吳音寧在這次事情處理上表現很好。<ref>{{cite news|author=郭琇真|url=https://www.agriharvest.tw/theme_data.php?theme=article&sub_theme=article&id=1641|title=休市爭議北農總座遭批神隱，美濃農會：她神隱處理好產銷，這就是農民要的！|publisher=農傳媒|date=2018-03-09|6=|accessdate=2018-03-10|archive-date=2018-03-10|archive-url=https://web.archive.org/web/20180310201116/https://www.agriharvest.tw/theme_data.php?theme=article&sub_theme=article&id=1641|dead-url=no}}</ref></p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年2月底，吳音寧用業務推廣費購買蔬果殘貨，贈送給表哥擔任鄉長的彰化溪州鄉社福團體，被議員炮轟，甚至被民眾向檢方舉發圖利、貪汙 <ref>林縉明.{{Cite news|url=http://www.chinatimes.com/newspapers/20180519000658-260106|title=公款送菜 吳音寧稱合情理法|publisher=中時電子報|date=2018-05-19|accessdate=2018-06-06|archive-date=2018-06-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180612141436/http://www.chinatimes.com/newspapers/20180519000658-260106|dead-url=no}}</ref>台北地檢署收案後表示，不排除傳喚吳音寧到庭說明。<ref>{{cite news|title=北農總經理花公帑送菜被告發貪污，北檢分他字案調查|author=錢利忠|date=2018-05-17|publisher=自由時報|url=http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2429458|6=|accessdate=2018-06-01|archive-date=2018-06-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180612142150/http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2429458|dead-url=no}}</ref> 。臺北地檢署收案後表示，不排除傳喚吳音寧到庭說明。 北農發新聞稿澄清，指拍賣出去的蔬果，農民若無載回的意願，過去是直接銷毀報廢，這也是最簡單快速的方式，但吳音寧不忍農民辛辛苦苦種植出來的蔬菜被銷毀，因而希望能提供給社福團體利用，贈送的社福團體皆有列冊，名冊及數量皆有提供給市場處 <ref>{{Cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/2418434|title=吳音寧花公帑買菜送人？ 北農：爆量殘貨送社福團體|author=沈佩瑤|publisher=自由時報|date=2018-05-07|accessdate=2018-06-19|archive-date=2018-06-19|archive-url=https://web.archive.org/web/20180619163824/http://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/2418434|dead-url=no}}</ref> 。《上報》則曾報導，市場處的訪談文字記錄與北農錄音檔內容不符，關鍵的字眼都漏掉，讓吳音寧及北農都背了黑鍋。<ref>{{Cite news|url=https://www.upmedia.mg/news_info.php?SerialNo=40910|title=【獨家】柯市府「漏列」關鍵訪談紀錄　讓吳音寧成北農送菜風波箭靶|author=蔡慧貞|publisher=上報|date=2018-05-15|accessdate=2018-05-18|archive-date=2018-05-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180518010254/http://www.upmedia.mg/news_info.php?SerialNo=40910|dead-url=no}}</ref></p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年5月18日下午，吳音寧召開記者會道歉，強調「我很抱歉，這是1萬9000多元的小事，因為我的關係，社福團體受到這麼大的波及」，更表示整件事情合情合理合法，當天到貨量非常多，預估有殘貨的情況，當天拍賣雖有延長，但最終還是有一小部分的蔬菜沒賣完，她認為過去的處理方式是報廢、好好的蔬菜變成垃圾，不捨這些蔬菜就這樣報廢，所以最後決定用總經理的業務推廣費買下來，並強調雖然造成很大的風波，但北農會將這件事情制度化，以後如果再遇到這種情形發生就有制度化的處理。<ref>{{cite news|title=花公帑送菜被轟 吳音寧：整件事情合情合理合法|author=楊心慧|date=2018-05-18|publisher=自由時報|url=http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2429978|6=|accessdate=2018-06-17|archive-date=2018-06-17|archive-url=https://web.archive.org/web/20180617165040/http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2429978|dead-url=no}}</ref></p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年6月7日，吳音寧在[[臺北市議會]]接受備詢，國民黨籍[[市議員]][[吳世正]]質詢時指出，以蔡總統的高度，在昨日民進黨中常會肯定北農的總經理，等於跨過好幾個層級，可謂「臺北市之光」。接著他問吳音寧到底是怎麼認識總統，吳音寧先是說「總統就是我們中華人民，就是我們...」，發現口誤後解釋「（蔡英文）就是我們的總統，我是[[新境界基金會]]的董事，所以是在新境界基金會認識。」吳世正質詢完後，說「妳可以去神隱了」。<ref>{{Cite news|url=https://www.ettoday.net/news/20180607/1186354.htm#ixzz5HtEpesEO|title=吳音寧稱蔡英文「中華人民」　網友：越級打怪的下場|publisher=ETtoday新聞雲|date=2018-06-07|accessdate=2018-06-09|archive-date=2018-06-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20180612142226/https://www.ettoday.net/news/20180607/1186354.htm#ixzz5HtEpesEO|dead-url=no}}</ref></p>

<li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月1日</b>，國民黨籍市議員[[陳重文]]於臺北市市議會質詢時，稱北農每月的業務推廣費高達30萬元，9個月下來逼近270萬元，其中一筆開銷是送給民進黨臺北市黨部60瓶洋酒「皇家禮炮」。<ref>{{Cite news|url=https://udn.com/news/story/6656/3175369|title=吳音寧被爆拿公費送民進黨洋酒 李明賢：蔡英文沒喝？|author=鄭媁|date=2018-06-01|work=|newspaper=聯合报|accessdate=2018-06-18|archive-date=2018-06-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180618175515/https://udn.com/news/story/6656/3175369|dead-url=no}}</ref></li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月2日</b>，北農發布新聞稿，強調經查證並無60瓶洋酒送民進黨部一事。<ref>{{Cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2445287|title=被爆民進黨慶送洋酒 北農：經查證無此事|newspaper=自由時報電子報|author=楊心慧|date=2018-06-02|work=|accessdate=2018-06-18|archive-date=2018-06-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180618175444/http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2445287|dead-url=no}}</ref></li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月6日</b>，民進黨籍市議員[[王世堅]]於臺北市議會質詢時，指北農前總經理[[韓國瑜]]任內購買數十萬元洋酒，才是以業務費買洋酒最多的人，韓國瑜回應，購買洋酒是用在與北農有業務往來蔬果公會、承銷人、農會上，經費也經過董事會審查。並指出，王世堅是個社會經驗豐富的議員，應該很瞭解這些屬正常的業務往來。<ref>{{Cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/local/paper/1206841|title=〈台北都會〉業務推廣費 韓國瑜買酒數十萬元|author=蕭婷方、沈佩瑤、楊心慧|date=2018-06-07|work=|newspaper=自由时报|accessdate=2018-06-18|archive-date=2018-06-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180618203244/http://news.ltn.com.tw/news/local/paper/1206841|dead-url=no}}</ref></li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月6日</b>，北農發新聞稿指出,262萬元是去年全年的業推費，前三個月韓國瑜仍是總經理，期間也有使用業推費，所以演算法完全錯誤。北農強調，吳音寧去年上任後平均每個月所使用的業推費為廿六萬，低於韓國瑜任內平均。<ref>{{Cite news|url=https://udn.com/news/story/11311/3184622|title=韓國瑜：我任內是北農黃金時刻|author=楊濡嘉|date=2018-06-07|work=|newspaper=聯合报|accessdate=2018-06-18|archive-date=2018-06-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180618175258/https://udn.com/news/story/11311/3184622|dead-url=no}}</ref></li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月8日</b>，民進黨籍臺北市議員[[簡舒培]]澄清烏龍爆料，指送酒的是市府發言人[[劉奕霆]]，送的對像是府院和其他五都的發言人，共8瓶洋酒。劉奕霆回應，酒是今年送的，但[[北市府]]與府院、其他縣市政府的新聞局處及發言人在業務上本就有所往來，而年節期間因有收到其他縣市發言人之贈禮，故基於禮尚往來予以回禮，一切皆符合公務禮儀，一般的年節饋贈亦符合規定。 。<ref>{{Cite news|url=https://udn.com/news/story/7323/3187889|title=北農送酒事件延燒市府？劉奕霆：有送府院和五都發言人|author=楊正海|date=2018-06-08|work=|newspaper=聯合报|accessdate=2018-06-18|archive-date=2018-06-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180618123804/https://udn.com/news/story/7323/3187889|dead-url=no}}</ref></li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月12日</b>，[[臺北地檢署]]將上個月分案調查北農總經理吳音寧「送菜案」與是次「洋酒案」一併釐清，加上前總經理韓國瑜被檢舉「菜蟲案」與「高價水果禮盒」，前後任總經理雙雙被列被告，又互為證人。原訂同月14日同步傳喚，但消息曝光後，臨時將兩人偵訊日前錯開一天。 。<ref>{{Cite web|url=https://news.ftv.com.tw/API/MetaInfo.aspx?id=2018612L08M1|title=北農不平靜 吳音寧、韓國瑜雙雙挨告|accessdate=2018-06-18|author=林姍亭、陳柏安|date=2018-06-12|work=民視新聞網|publisher=民视}}</ref></li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2018年6月13日</b>，臺北地檢署以「他字案」被告身分傳喚吳音寧到庭，吳音寧供稱，確有從業務推廣費用中買酒及禮盒送人，這是基於公關需要，而且是「慣例」，也有報請主管機關核准，一切公開、合法，且有簽呈、單據可供查證，送禮對象絕不包括政黨相關人士。翌日傳訊北農前總經理[[韓國瑜]]到庭。<ref>{{Cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/Taipei/breakingnews/2457689|title=菜蟲案、贈菜案一起查 韓國瑜今早北檢出庭|author=錢利忠|date=2018-06-14|work=|newspaper=自由時報|accessdate=2018-06-18|archive-date=2018-06-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20180618175435/http://news.ltn.com.tw/news/Taipei/breakingnews/2457689|dead-url=no}}</ref></li>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年9月初，吳音寧原定率17名人員赴[[帛琉]]推廣蔬果，因當時面臨果菜批發市場改建風波，臨時改由業務部經理率隊前往。不過因帛琉人口僅2萬人，加上觀光客也僅有3萬多人，而北農目前一天的蔬果交易量，就已是帛琉一整年的量，此舉引發批評獲利不及團費。9月11日，在多名臺北市議員的質詢中，吳音寧沒有具體回應此行的利潤問題，也表示具體經費數字需要再查詢，此回應遭議員砲轟其搞不清楚狀況不稱職。農委會國際處副處長林家榮則回應稱，帛琉的蔬果都是進口，又是友邦，這次北農的活動，就是要把台灣好的蔬果推薦給當地消費者 <ref>{{Cite news|url=https://tw.appledaily.com/new/realtime/20180911/1427881/|title=北農赴帛琉推廣蔬果　議員酸「僅2萬人要推展什麼」 |author=林媛玲、陳怡文|date=2018-09-11|work=|newspaper=蘋果日報|accessdate=2018-11-13}}</ref> 。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年9月底，又傳出在10月2日將率領董事會成員前往[[歐洲]]進行12天參訪，去程從荷蘭入境，最後由法國離境。每晚住宿飯店皆安排位於市中心的4星級酒店，行程可攜帶眷屬同行，全部由北農買單，每人團費12萬7000元。國民黨籍市議員[[王欣儀]]質疑行程是豪華旅行團，在行程內將參訪[[紅燈區]]、[[羅浮宮]]、[[巴黎老佛爺百貨公司]]及購物中心，與北農業務有何關聯。總經理吳音寧不顧北農有45%公股，對外聲稱北農為民營公司，不願到議會備詢，卻要率領董事到歐洲觀光。這一團連價格多少、參團人數也不願說清楚 <ref>{{cite web|url=https://udn.com/news/story/6656/3391666|title=吳音寧將率董事會遊歐12天 行程有紅燈區、outlet|publisher=聯合新聞網|date=2018-09-28|language=zh|author=莊琇閔|accessdate=2018-11-12|archive-date=2018-11-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20181112141440/https://udn.com/news/story/6656/3391666|dead-url=no}}</ref> 。隨後吳音寧表示，由於[[康芮颱風]]持續增強可能影響台灣，擔心蔬果供銷受波動，因此決定留在北農坐鎮，但該參訪團仍然照常出發 <ref>{{cite web|url=https://www.upmedia.mg/news_info.php?SerialNo=49103|title=【快訊】北農率團考察紅燈區惹議　出發前夕吳音寧取消行程|date=2018-10-01|publisher=上報|quote=台北農產運銷公司總經理吳音寧風波不斷，原訂2日率領董事會成員前往歐洲進行12天參訪，行程曝光多是觀光，還計畫參訪紅燈區，造成不小爭議，但出團前夕，傳出吳音寧取消個人的歐洲行；晚間北農主秘路全利證實此事，表示因康芮逐漸增強，吳總決定取消個人的歐洲行程，但歐洲團仍照常出發。|language=zh|accessdate=2018-11-12|archive-date=2018-11-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20181112181532/https://www.upmedia.mg/news_info.php?SerialNo=49103|dead-url=no}}</ref> 。