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2013年，卡洛琳獲提名為{{Link-en|美國駐日大使|United States Ambassador to Japan}}，11月15日抵達日本履新，11月19日到[[皇居]]向[[天皇]][[明仁]]呈遞到任國書。
2014年1月18日，克羅琳針對日本[[和歌山縣]][[太地町]]的[[日本捕鲸业|圍捕海豚]]活動，在其個人[[Twitter]]上投稿寫道：“美國政府反對围捕海豚的活動。捕殺海豚的非人道性極其令人擔憂。”<ref>{{Twitter status| キャロライン・ケネディ駐日米国大使|424405149730107393}}</ref>，其後引發爭議<ref>{{Cite news |title=「米国政府はイルカ漁反対」 ケネディ大使がツイート |newspaper=[[朝日新聞]] |date=2014-01-19 |url=http://www.asahi.com/articles/ASG1M66QTG1MUHBI013.html |accessdate=2014-01-20}}</ref><ref>{{Cite news |title=太地町のイルカ追い込み漁に非難の声、ケネディ大使も懸念表明 |newspaper=[[CNN]] |date=2014-01-19 |url=http://www.cnn.co.jp/world/35042729.html |accessdate=2014-01-20}}</ref>。
2014年3月6日，卡洛琳接受[[日本放送協會]]採訪時說，[[日本首相]][[安倍晉三]]參拜[[靖國神社]]，這項舉動導致地區局勢混亂，沒有建設性，而且導致[[日韓關係]]與[[日中關係]]惡化，她對此表示關切；但她也說，盟國有時也會存在不同意見，[[日美關係]]非常牢固，日本與[[韓國]]都是美國在亞洲最緊密的盟國，希望日本與韓國保持對話、改善關係。