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早年加入[[新黨]]，後來轉至[[親民黨]]，曾任第13屆、第15屆臺北縣議員。擁有極鮮明的[[政治色彩|政治立場]]，例如在政見中稱呼[[泛綠陣營]]為「綠色妖魔」，對於泛綠施政則以「綠色執政、悽慘保證」揶揄之。由於他時常揭發砂石業者的違法行徑，因此為少數常上全國性媒體版面的地方民代之一<ref name="槍擊">{{cite news |language = zh-tw hant | author = 許惠安 | url = http://www.epochtimes.com/b5/7/5/23/n1719720.htm | title = 台灣北縣議員吳善九遭槍擊 不治身亡 | publisher = [[大紀元新聞網]] | date =2007-05-23 | accessdate =2011-02-12}}</ref>。

2007年6月24日23時30分，槍殺吳善九的槍手[[藍家偉]]（時年35歲，[[宜蘭縣|宜蘭]]人，綽號「懶叫」，有[[殺人]]和[[毒品]]等前科）開車行經[[臺北市]][[華陰街]]時，遇到警方在路旁進行臨檢，警員上前攔檢。藍家偉開車衝撞攔檢點，對警員連開七槍，與警方發生槍戰。警方圍捕藍家偉時，藍家偉朝自己的右[[太陽穴]]開槍[[自殺]]，送醫急救半小時後仍然不治死亡<ref>{{cite news |language = zh-tw hant | author = 黃泊川、張芳榮 | url = http://tw.nextmedia.com/applenews/article/art_id/3588708/IssueID/20070625 | title = 殺吳善九槍手自轟 | publisher = [[蘋果日報 (臺灣)|蘋果日報]] | date =2007-06-25 | accessdate =2011-02-12}}</ref>。

2013年3月5日，買兇的命案主嫌吳信中，在中國大陆落網後押回台灣。<ref>{{cite news| language =zh-twhant| author =邱俊福| url =http://www.libertytimes.com.tw/2013/new/mar/6/today-so13.htm| title =吳善九命案主嫌 吳信中押返| publisher =自由時報| date =2013-03-06| accessdate =2013-03-06| deadurl =yes| archiveurl =https://web.archive.org/web/20130306082947/http://www.libertytimes.com.tw/2013/new/mar/6/today-so13.htm| archivedate =2013-03-06}}</ref>

2014年1月13日，主嫌吳信中被判處有期徒刑25年，併科罰金30萬元。<ref>{{cite news |language = zh-tw hant | author = 藍凱誠|url = http://udn.com/NEWS/SOCIETY/SOC6/8423687.shtml?ch=rss_social | title = 教唆槍殺前北縣議員吳善九 角頭吳信中判25年 | publisher = 聯合新聞網| date = 2014-01-14 | accessdate = 2014-01-14}}</ref>