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和大部分玛雅学者一样，莫利对玛雅文字的神秘性有着特殊的兴趣。玛雅文字的日历表示方法以及天文数据的含义已经在20世纪初期分析出来。在1930年代，[[约翰·蒂普勒]]（{{lang|en|John E. Teeple}}）在莫利的鼓励下解决了字型问题，并将之称为“补充系列”（{{lang|en|Supplementary Series}}）；蒂普勒亦证明了玛雅日历与[[月相]]相关，并且可被用来预测[[月食]]。然而，尽管他们作出了大量的努力，大部分文字和铭文依旧无法解读。莫利认为，这些无法解读的符号并不用于历史记录，而是“为了精确记录时间而产生的众多表达方式”，且正是它们“构成了玛雅文字的主体”<ref>[https://www.sohu.com/a/240131831_534801 玛雅文字的破译]，文字知识， 2018-07-09</ref> https://www.sohu.com/a/240131831_534801 <ref>Morley （1940年，第144–149页），原文：“time, in its various manifestations, the accurate record of its principal phenomena, constitutes the majority of Maya writing.”</ref><ref>Coe （1992年，第143页）。</ref>，此外，他还觉得这些文字中根本不会有任何[[地名学|地名]]；这些观点在当时被广泛地接受。莫利假设玛雅文字系统是基于[[形意文字]]或[[象形文字]]，而没有[[语音学]]的构成。也就是说，每一个[[字形]]代表了全部意义和概念，而这些符号的产生方法与写这些符号的人的[[音位|发音]]无关。