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波恩大学的毕业生中涵盖多位诺贝尔奖 <ref>[https://www.sohu.com/a/198373152_649951 关于诺贝尔奖得主，你知道多少?] ，搜狐，2017-10-16</ref> 、菲尔茨奖、莱布尼茨奖及普利兹克奖得主。德意志皇帝威廉二世、联邦德国第一任总理阿登纳、马克思、哈贝马斯、海涅、尼采等曾在波恩大学学习。

波恩大学拥有许多校直属科研机构，作为对教学和研究任务的补充。它们是：弗朗兹－杜尔格尔研究所成立于1966年，研究古希腊罗马后期情况，尤其是地中海古代文化的过渡阶段。研究所的许多工作人员都是来自外国的专家。旧天主教神学研究班成立于1901年，由主教研究班和波恩旧天主教教堂资助，是德国迄今为止唯一的旧天主教研究机构，它致力于培养旧天主教教学和研究的后备力量。东方语言研究班，成立至今才25年，它对于波恩大学，这所曾位于德国政治中心的高校来说，尤其具有特殊意义。自1979年来，它在经济上一直受到联邦政府和北莱茵-威斯特法.伦州的资助，主要从事近东、中东、远东语言文化人才的培养。1983年，研究所还开设了土耳其语、日语 <ref>[https://www.sohu.com/a/277110355_519088 日语专业就业前景怎么样？ ]，搜狐，2018-11-22</ref> 、汉语、朝鲜语、印度语和阿拉伯语的笔译课程。法国文化研究中心是法国使馆于1952年成立的。它的师资力量和研究人员及活动经费大部分得到法国外交部的资助。中心建立目的在于促进德法两国互相谅解和两国学生、学者、作家和艺术工作者的交流。目前工作重心是加强波恩大学法国语言和文学教学和研究水平。计划用水法研究所是德国唯一致力于用水平衡法和水利法的实施的科研机构。它通过指导和建议不断对联邦和州立法机关施加影响，使水法实施条件不断改善，同时它还负责水利法的推广和研究。银行储存和贷款研究所主要从事银行储蓄、利息、贷款和结算的研究工作。