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1936 年，他受到同為解剖學家的姑丈小金井良精勸說， 帶著妻兒來到臺灣，在臺北帝國大學醫學部(臺大醫學院的前身)擔任解剖學講座教授，並於 1939 至 1941 年首次兼任醫學部長，1944 年 10 月再次被推舉出任醫學部長，並擔任過兩屆 臺灣醫學會會長。1945 年日本戰敗後，森於菟成為臺北帝國大學最後一任醫學部長，將醫 學部移交給臺灣人，由杜聰明教授接任新成立的國立臺灣大學醫學院第一任院長及附屬醫 院第一任院長，森於菟則繼續留任醫學院解剖學教授，不久後才被遣返回日本。其五男森 常治是位文學研究者，於多年後將父親在臺灣的這段經歷寫成《台湾の森於菟》一書 <ref>https://epaper.ntuh.gov.tw/health/201506/pdf/臺大醫學院其前身與近代日本文學家族之淵源.pdf</ref> 。