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《北京中医药大学学报》以弘扬中医药学术、促进中医药科技进步为根本任务，以高校学术 <ref>[https://www.sohu.com/a/417153536_120214179 “学术是不分语言的”]，搜狐，2020-09-08 </ref> 层次、学术成就、学术优势为基本依托，通过不断加强刊物的学术内涵建设、编排规范建设以及提高出版印刷质量，体现本刊品位与档次；通过不断推出专题组稿栏目，构筑高层次、高水准、别具一格的报道网络，体现本刊风格与特色。我们在全方位、多角度报道中医药领域各学科、各专业学术研究成就与动态的基础上，还开设了诸如“优秀临床人才策论”“专家述评”“博士之光”“科研思路与方法”“科技之窗”“理论研究”“临床研究”“文献研究”“中医药实验研究”“中药化学”“中药制剂”等专栏，进一步体现了本刊的特色。

《北京中医药大学学报》获奖情况： 1989年获全国高等医药学院校学报编辑质量优秀学报一等奖；1990年获北京高等学校自然科学学报优秀编辑质量一等奖；1995年获北京市高校系统自然科学学报优秀学报一等奖；1995年获国家中医药管理局颁发的全国中医药优秀期刊二等奖；1996年获中共中央宣传部、国家科学技术委员会、新闻出版署颁发的全国优秀科技期刊三等奖；2000年获国家中医药管理局颁发的全国中医药优秀期刊一等奖；2004年获全国高校优秀科技期刊二等奖；2005、2008年两次获得全国高校科技期刊先进集体称号，2006、2008、2010、2012年4次被教育部科技司评为中国高校精品科技期刊，2009年获得中国高等学校自然科学学报研究会评比的“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”，2011年荣获教育部科技司颁发的中国高校科技期刊优秀团队称号，2008、2011、2014、2017年4次被中国科技信息研究所评为中国精品科技期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/162900527_450839 国内科技期刊破冰：从科学家“糟心事”说起]，搜狐，2017-08-07</ref> ，即 “中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊，2012、2013、2014、2015、2016年5次被中国科技信息研究所评为百种中国杰出学术期刊。