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自1984年创刊以来,《原子与分子物理学报》坚持为人民服务、为社会主义服务的出版方针,严格遵守国家的有关出版法规、规章.自1992年以来,《原子与分子物理学报》一直被评为中文核心期刊.1992年,全国共有129种物理学类专业期刊,《原子与分子物理学报》排名为第十四位;1996年定出26种为核心期刊,《原子与分子物理学报》排名为第十四位;2000年定出30种为核心期刊,《原子与分子物理学报》列纯粹物理类核心期刊第5位.该刊还被国际期刊协会中国分会定为科技类核心期刊，刊登的论文被国外众多著名的刊物索引,部分论文还被SCI索引.根据美国化学学会出版的CASSINo.4统计结果,1998年度我国(包括台湾地区)共有88种科技期刊进入"CA"千重表，《原子与分子物理学报》名列第28位.根据国家级火炬计划项目中国基础设施工程项目,《原子与分子物理学报》被定为《中国科学引文数据库》和《中国科学文献数据库》来源期刊,并被作为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/463176201_176877 重磅！2021-2022版CSSCI来源期刊目录发布！] ，搜狐，2021-04-26</ref> 全文收录,还被《中国学术期刊网》, 《中国学术期刊(光盘版)》,《中文科技期刊数据库》和《中国数字化期刊》等全文收录.自2006年开始,本刊又被《中国学术期刊文摘》(中、英文版)摘录.日本曾翻译出版了《原子与分子物理学报》.

《原子与分子物理学报》对推进我国原子与分子学科的发展起到了相当大的作用,在国内外有较大影响,在科学文化知识的积累和创新方面有较大贡献,社会效益显著.该学报曾荣获四川省新闻出版局一级刊物,四川省高校优秀期刊和四川省科委优秀期刊等称号.自创刊以来,有数百名国内外知名科学家和科技工作者向本刊投稿.投稿单位主要有中国工程物理研究院,中科院物理所,中科院武汉物理所,中科院近代物理所,中科院大连化物所,中科院上海光机所等著名研究所,有北京大学,清华大学,复旦大学<ref>[https://www.sohu.com/a/193184337_683054 【每日一校】复旦大学 ]，搜狐，2017-09-19</ref>,中国科技大学,南京大学,哈尔滨工业大学,吉林大学,兰州大学,武汉大学,四川大学等国内著名大学.