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從海軍退役後，舒爾金返回伯克利並於1954年被[[加州大学伯克利分校|加利福尼亞州立大學伯克利分校]]授予[[生物化學]]博士學位。1950年代末，舒爾金在[[加利福尼亞大學舊金山分校|加利福尼亞州立大學舊金山分校]]完成了[[精神病學]]與[[藥理學]]領域的博士後研究。舒爾金曾先後為{{tsl|en|Bio-Rad|Bio-Rad}}公司及[[陶氏化學]]{{lang|en|(Dow Chemical Company)}}公司工作，最終以高級研究員身份就職於陶氏化學<ref name="nyt" /> 。
在此期間，舒爾金經歷了一系列服用繼[[麥司卡林]]後的[[致幻劑|致幻藥物]]的體驗<ref name="lat">{{cite news
舒爾金隨後報導了他的感受:
由於其個人的幻覺體驗，舒爾金的研究重心仍傾斜於[[精神藥學]]，但在此期間他無法做太多的自主研究。由於舒爾金發明了第一種[[可生物降解]]{{lang|en|(biodegradable)}}的氨基甲酸酯類殺蟲劑{{le|茲克威|Mexacarbate}}，陶氏為回報這一潛在利潤極高的專利而予以他極大的自主性，令其得以進行更進一步的研究。 在此期間，舒爾金應陶氏要求發明了一系列專利藥物，並將他在其他藥物上的發現發表於[[自然_(期刊)|自然]]{{lang|en|(Nature)}}、[[有機化學期刊]]{{lang|en|(Journal of Organic Chemistry)}}等刊物中。最終，陶氏要求舒爾金不得再以公司名義出版其作品。