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在2012年10月25日[[日本職棒]][[選秀會]]中，受到[[北海道日本火腿鬥士隊]]的第一指名<ref>{{cite news| author=吳婷雯| title=火腿強行指名大谷翔平　阪神虎獲藤浪交涉權| url=http://www.ettoday.net/news/20121025/119083.htm| accessdate=2012-11-27| newspaper=ETtoday| date=2012-10-25}}</ref> ，但由於大谷也有著直接挑戰[[美國]][[大聯盟]]的意願<ref>{{cite news| author=吳政紘| title=轉當火腿人？ 大谷翔平：可能性零| url=http://www.nownews.com/2012/10/26/341-2867023.htm| accessdate=2012-11-27| newspaper=ETtoday| date=2012-10-26}}</ref><ref>{{cite news| author=吳婷雯| title=遭日職強行指名 大谷翔平：挑戰大聯盟心意已決| url=http://www.ettoday.net/news/20121026/119231.htm| accessdate=2012-11-27| newspaper=ETtoday| date=2012-10-26}}</ref>，因此最初並未與火腿隊達成入隊協議。但在火腿隊向大谷比較過美日職棒的差異，並提出選秀球員的最高規格合約與讓大谷繼承已赴美發展的前王牌投手[[達比修有]]的11號背號，以及達成讓大谷在球季中擔任投打「二刀流」選手的願望後，終於說服大谷入隊。