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1978年在本刊[[发表]]的《中国蕨类植物科属系统排列和历史来源》一文最具代表性，作者[[秦仁昌]]院士因发表此文而获得了1993年度的国家自然科学奖一等奖。获2009年度国家自然科学 <ref>[https://www.sohu.com/a/397676033_120608960 自然科学发展概述] ，搜狐，2020-05-26 </ref> 奖一等奖的《中国植物志》曾引用JSE发表的研究成果达6016次。此外，《植物分类学报》有5篇文章分别于2003、2004、2007、2008 年获中国科协优秀学术论文奖，1篇文章于2017年获中国科协优秀科技论文农林集群优秀论文一等奖，2篇文章于2018、2019年分获中国科协优秀科技论文奖。2013–2018年JSE入选中国科技期刊国际影响力提升计划项目，2019年入选中国[[科技]]期刊卓越行动计划，2020年入选第27届北京国际图书博览会精品期刊展，连续9年荣获“中国最具国际影响力学术期刊”。

自2016年起，JSE每年对前两年发表文章进行评选，由全体高级编辑根据文章被引频次以及[[学术]]影响力进行投票，确定入选优秀论文 <ref>[https://www.sohu.com/a/395895611_607269 怎样写一篇优秀论文？看完受益匪浅！]，搜狐，2020-05-18</ref> 。