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新中国成立后，高健君担任组织部副部长参与中共甘肃省委工作。由于他熟悉甘肃情况，在组织建设、地方政权建立、干部选配等许多基础性工作上发挥了积极作用。不久，高健君升任省委副书记，进入了指导和掌控甘肃全局的党的领导核心集体。作为省委副书记，高健君先后分管了工农业、组织监察、民族统战等多项主要工作，他几乎跑遍广袤农村、牧区，深入工厂、工地指导工作，帮助解决问题。兰州雁滩发生洪灾，他两天两夜战斗在第一线，同群众一起防洪抢险;三九严寒，他带领沙里士(当时民委主任)等人，深入牧民帐篷，了解牧区生产、牧民生活，同牧民同吃同住同劳动。日常机关工作，他不计时间，经常工作到深夜。他在促进生产建设和社会进步上，履行了党赋予他的天职。