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2004年，阎崇年初登[[CCTV-10]]频道"[[百家讲坛]]"，阎崇年教授和易中天、王立群教授阎崇年教授和易中天、王立群教授 主讲《 [[ 清十二帝疑案 ]] 》系列，共37讲。阎崇年自此成为"百家讲坛"走出低谷的转折点，并开创了正说历史的风尚。当时，阎崇年出版过一本《 [[ 努尔哈赤传 ]] 》，因此被认为是讲《 [[ 清十二帝疑案 ]] 》第一讲清太祖努尔哈赤的最佳人选。栏目制片人聂丛丛拿着聘书到阎崇年家，阎崇年很是犹豫，只答应试一试。结果试讲效果非常好。录完以后，聂丛丛和编导请阎崇年吃饭，并提出请他负责讲完全部《清十二帝疑案》。阎崇年不敢答应，只同意再讲一集皇太极。讲完皇太极后，《清十二帝疑案》的收视率开始节节高升，"百家讲坛"的综合排名保持在科教频道的第二位。阎崇年也慢慢有了信心，于是又讲了康熙、雍正、乾隆，就这样延续下去，一直讲到了宣统。《清十二帝疑案》讲完了，阎崇年又开始讲《清十二帝疑案总说》、《清十二帝疑案答疑》，创下了当时科教频道的最高收视率0.57。

阎崇年在讲稿基础上出版了《 [[ 正说清朝十二帝 ]] 》一书，热销数十万册，好评如潮。阎崇年曾说:这本书的读者面比较宽，上到院士，下至8岁的小学生都可以读。具体说来，这本书在四个方面有所尝试，即"正说"、"细说"、"通说"、"新说"。

'''1、"正说'''" --与"戏说"历史不同，这本书强调"正说"。"正说"是按照历史原貌，向广大受众公正地、真实地讲述历史。上世纪80年代以来，中国的影视和文学作品，对中国古代历史，特别是清朝历史和清朝皇帝情有独钟，并且逐渐"戏说"成风。这既引发了人们对清史的关注，又对它的真实性疑惑不解。人们普遍期待"正说"清史，这本书卖得好正是"久旱逢甘雨"的结果。其实，人们对"正说"与"戏说"都需要，既不能要求史家去"戏说"，也不必苛求影视家去"正说"。对受众来说，看"戏说"时应该知道这是"戏"，看的是热闹，不可当真;看"正说"时，应该知道这是"史"，了解的是"真实"，不能只图热闹。老百姓的文化素养提高了，就能辨别。

'''4、"新说''' "--对清朝的好多事件，阎崇年做了"新说"。比如鸦片战争，以前中学教科书突出"落后就要挨打"，阎崇年讲"落后可能挨打"，认为鸦片战争失败的责任主要由道光帝承担。当时英军入侵，后方在大西洋那边，如果号召"勤王"，道光皇帝是有可能打败敌军的。弱胜强，少胜多的例子，历史上是很多的。道光皇帝的祖先，当年进行的萨尔浒之战、松锦之战，八旗军都是以弱胜强、以少胜多的。

2006年9月，阎崇年再登" [[ 百家讲坛]]"，主讲《 [[ 明亡清兴六十年 ]] 》系列，共46讲，并出版同名图书。

2008年3月，阎崇年三登"百家讲坛"，主讲《 [[ 康熙大帝 ]] 》系列，共23讲，并出版同名著作。早在上世纪60年代初，当阎崇年研究清史时，就是从研究康熙入手的。1964年，他写出论文《评康熙帝》，但过了多年才获发表。尔后，他研究重点转到清入关前，但对康熙朝历史的关注从未懈怠。"四十多年来我一直没有放弃对康熙朝历史的学习与关注，时时事事处处，始终萦绕于心。"也因此，在百家讲坛完成《康熙大帝》系列讲座，当他对康熙朝历史做一次系统的梳理后，他认为这也实现了自己多年的夙愿。 在《康熙大帝》一书中，阎崇年从国际、平民、电视、公正和人文等五大视角，对康熙的成长经历、丰功伟绩、日常生活、遗憾缺失等一一进行阐述，视野开阔，情节跌宕，分析精当，给读者呈现出一位性格鲜明、大智大勇、文韬武略的千年一帝的丰满形象。 阎崇年说，希望这本书成为励志读物，他认为，励志的对象可以说是遍及各种读者类型。对于小读者而言，康熙的自强不息精神值得推崇，他小时候就失去父母，还患过天花，但他克服困难，一步步实现自己的宏愿。对于中年读者来说，应该从书中了解康熙如何为了国家进行不屈不挠的奋斗。而作为特定读者群的公务员从中会汲取营养，那就是了解康熙如何治国。而说到康熙个人修养、自身学习时，阎崇年很推崇一句话:"圣人、贤人和凡人、俗人有什么区别，就两个字--志、学。"

2012年，阎崇年第四次登上"百家讲坛"，主讲《 [[ 大故宫 ]] 》系列，共64讲。同时出版《大故宫1》、 [[ 《大故宫2》、《大故宫3》 ]] 三部著作，在全国掀起关注、学习和研究故宫的热潮。阎崇年担任 [[ 中国紫禁城学会 ]] 副会长等职务，其历史研究课题多与故宫相关。在多次实地考察 [[ 北京明清故宫、沈阳故宫、台北故宫博物院 ]] 等地后，阎崇年首次提出"大故宫"概念，旋即引发了创作灵感――在大中华文化背景下，从故宫入手，寻求解读历史的突破口。在这一灵感的激发下，阎崇年决定打开故宫外延，首次将 [[ 颐和园、圆明园 ]] 、北海、景山、 [[ 避暑山庄 ]] 、木兰围场、明清皇陵、沈阳故宫博物院、南京博物院、台北故宫博物院等，纳入故宫姻系，并以此为脉络，透彻解析绵延千百年的封建皇家族系、机制构架、社会人文、文化渊源，以及建筑、文物、民风等，做一个"故宫大百科"式的宏大项目。

《 [[ 努尔哈赤传 ]] 》 [[ 北京出版社 ]] 25万字 1983年 北京《 [[ 古都北京 ]] 》 [[ 朝华出版社 ]] 25万字 1986年 北京

《天命汗》 [[ 吉林文史出版社 ]] 35万字 1993年 吉林

《满学论集》 [[ 民族出版社 ]] 35万字 1999年 北京《 [[ 清朝皇帝列传 ]] 》 [[ 紫禁城出版社 ]] 25万字 2002年 北京

《 [[ 正说清朝十二帝 ]] 》 [[ 中华书局 ]] 25万字 2004年 北京《 [[ 袁崇焕传 ]] 》 中华书局 22万字 2005年 北京

《 [[ 康熙大帝 ]] 》 中华书局 30万字 2008年 北京《 [[ 合掌录:阎崇年对话星云大师 ]] 》 [[ 九州出版社 ]] 20万字 2009年 北京

《 [[ 大故宫 ]] 》 [[ 长江文艺出版社 ]] 80万字 2012年 北京《 [[ 努尔哈赤全传 ]] 》

[[ 江苏文艺出版社 ]] 35万字 2014年 江苏

他的《 [[ 努尔哈赤传 ]] 》获北京市和中国"光明杯"优秀学术著作奖、全国满学研究优秀成果奖。

《 [[ 正说清朝十二帝 ]] 》获选国家图书馆首届文津图书奖推荐图书。在《出版人》杂志和新浪网联合主办的"2004年中国书业年度评选"中被授予最佳年度传记纪实图书奖。被列为中华书局、中国出版集团"镇社之宝"图书。

天合就是天人关系，是中华文化和人生智慧的一大特点。天，有多种解释:天命、天道、天理、天时等。这里说的天，主要是指天时。一个人生活在世界上，首先面对的是天时。司马迁说:"究天人之际"，就是说要探究天与人的关系。"天时"有大天时、小天时。魏源在《 [[ 圣武记 ]] 》中说:"小天时决利钝，大天时决兴亡。"就是说，成小事业者要有小天时，成大事业者必有大天时。天时不停地在变。《 [[ 易经 ]] 》的"天行健，君子以自强不息"，说的是天体在不停地运行，人要不断地努力。既然人与天经常不合，那么怎样使它"合"呢?重要的是:察知天时，顺应天时，不失天时。一是察知天时。人们常说:"知时务者为俊杰。"俊杰的一个特点是要"知时务"，就是要知天时、识事务。古代杰出人物的察天时，主要感悟天时、顺应天时。二是顺应天时。《 [[ 老子 ]] 》说:"动善时。"《 [[ 孟子·离娄上 ]] 》也说:"顺天者存，逆天者亡。"都是说行动要顺应天时。三是不失天时。《 [[ 晋书·宣帝纪 ]] 》说:"圣人不能违时，亦不失时也。"人与天的关系是:既不违时，也不失时。

己合主要是生理平衡、心理平衡、伦理平衡。其一，生理平衡。人的生理，经常处于不平衡状态，所以会生病。人们往往被疾病和痛苦所折磨。生病有外因，更重要的是内因。要维持生理平衡，要促使身体健康。严格地说，有多健康的身体，就能做多大的事业。要善于调整身体内在因素，尽可能保持一个平衡、健康的身体。其二，心理平衡。人的心理经常处于不平衡状态，所以有苦闷、烦恼、焦虑和烦躁。要使心理平衡，重要的是心态，要有黄金心态。所谓黄金心态，就是碰到困难要阳光、喜悦，遇到委屈要坦荡、豁达，遭遇坎坷要淡泊、宁静，面临胜利要谦虚、谨慎。具体来说，应注意事大气静、顺谦逆奋。其三，伦理平衡。伦理平衡，重在修身。《大学》的"八目"是: [[ 格物、致知、诚意、正心、修身 ]] 、齐家、 [[ 治国、平天下 ]] 。修身，既是格物、致知、诚意、正心的根本，也是齐家、治国、平天下的基础。所以，"八目"的核心是修身，而修身的要义是克己从善，其指就是"止于至善"，也就是达到"四合"。修身所追求的目标是:"仰不愧于天，俯不怍于人。"(《 [[ 孟子·尽心上 ]] 》)像范仲淹《 [[ 岳阳楼记 ]] 》所追求的修身意境:" [[ 先天下之忧而忧，后天下之乐而乐 ]] 。"力求达到张横渠所言的最高境界:"为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平。"

12月15日，大故宫3 会将在故宫建福宫召开故宫学研讨暨《大故宫》文化成果座谈会在京召开。清史专家阎崇年推出《大故宫3》，至此全三册《 [[ 大故宫 ]] 》书系结集面世。

阎崇年《 [[ 大故宫3 ]] 》电视片已于2013年1月3日播出。