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　　光绪四年，何金寿再次向皇帝进言：以往闹荒旱灾害，太后、皇帝沉痛责怪自己，恳切的态度使人们落泪。过去的朝廷重臣也自责，引咎辞职。而今不一样了。平定新疆有功，于是朝中要员居功受赏；而内地主要省份遭灾，这些要员重臣个个逃脱责任而不受罚。山西、河南灾民流离失所，超过半数。京城百里之内，路旁饿死的饥民比比皆是，逃荒的灾民数以万计。这些聚集京城的-百姓，万一汇成起义之类的大乱，那么，这些重臣不只没为国分忧，而且也自身难保。何金寿这道奏折有理有力，呈上不久，皇帝下诏：令军机大臣等下属赎职者，革职留用，分别处理。光绪五年，朝廷进行京察，何金寿等大考上等的-，记名备用作道台知府。此年六月，何金寿又一次淋漓尽致地陈述当时的弊端。皇帝认为他所奏所为，破除情面，特别给予褒奖。九月，何金寿授任江苏省扬州府知府。他一上任，“正值歉收之年，他请在运库借款赈恤、贷给贫民牛种”。首创济民典质办法。“收耕牛四百余头不取子息。俾及时播种民以获济。”光绪六年，何金寿调任甘泉。西北地区普遍干旱，春季全不下雨。何金寿一方面奏请，从运库划拨些款项，借给穷困百姓，同时筹款赈灾，安抚当地的民众。百姓的困难生活得以复苏。另一方面，何金寿设“以牛典当”救急的“典牛局”。准予农民将牛典当，换成钱救急，第二年再以本金赎回，不取利钱，耕牛赎回全家得以保全。何金寿帮助百姓度过灾年，按时播种，恢复生产。此外，他还做成防盗救火两件事；何金寿筹款设置护民栅栏一百六十余道；值更守夜大棚五十座，招募人员监守。盗贼消声匿迹。另外，因城内河窄水浅，一遇失火难于扑救。何金寿拨出款项，购得大水缸七十余个，安置在新城与旧城之间，分段存储救火用水，以防备偶然失火的情况。

　　光绪七年，甘泉郡城质典铺失火，火由典铺引起，扑救熄灭后又死灰复燃。何金寿作为一郡之长，按照过去东台县典铺失火索赔办法向上禀报。即因他处火灾殃及的典铺赔偿一半，自家引发的火灾悉数赔偿而收其利息。现在，甘泉的典铺是自家失火，而且典铺典当时也未遵守“典当物价值十要当五的”规定，或者“不到五成（即物值一半）而收利息”，或“都超过五”。因此，这次典当只退还本而不计息。在四通八达的街上贴出公告。有些不良分子不服就逮捕治裁，严肃惩治滋事者。由“市民大哗”变为“众立散”，做好了这次的善后工作。另外，何金寿在防筑运河堤岸工作上卓有功绩。经过掌管漕运的督抚黎培敬的保举奏本，皇帝赏赐何金寿加三品官衔。光绪八年七月闹旱灾，何金寿光着脚为民祈祷求雨时，中暑得病，不久就暴病身亡，以身殉职。临终留下遗言，嘱令不得接受商人赙赠一钱。因何金寿家中贫困到不能归葬的程度，遂埋葬在扬州。