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保护区位于辽东半岛东南侧的黄海海域，由大长山岛、小长山岛、广鹿岛三个乡镇级海岛及其附属海岛和周边海域组成。整个保护区总面积51939.01公顷，其中，海域面积43848.01公顷，岛陆面积8091公顷。保护区内有海岛（礁）84 个，其中有居民海岛11 个，拥有海岛 <ref>[https://www.sohu.com/a/334520669_559116 全球14个绝美海岛旅游攻略！]，搜狐，2019-08-18</ref> 、沙滩、湖泊区、岛岸岩礁等众多景观带。

保护区内的海岛历史文化悠久，大长山岛上马石遗址出土了大量石器、骨器、陶器 <ref>[https://www.sohu.com/a/17061902_182042 中国陶器发展简史] ，搜狐，2015-05-30 </ref> 等文物，尤其是当年广鹿岛小珠山贝丘遗址的发现，将辽宁地区6000 多年的人类活动历史向前推进了1000 多年。长山群岛是北黄海珍贵海洋生物和地理种群的主要栖息地，海参、鲍、虾夷扇贝、海胆均属于该区域的特产。