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1985年杨根据日本外务省档案，撰写发表了《康有为谋围颐和园捕杀西太后确证》一文。1988年根据蒋介石日记及蒋与汪精卫之间的来往函件，撰写发表了《中山舰事件之谜》，该文被胡乔木誉为是“有世界水平的文章”，获中国社会科学院优秀科研成果奖，并被日本和美国学者分别翻译为日文、英文刊出。

1993年，杨天石将有关论文汇集为《寻求历史的谜底——近代中国的政治与人物》一书，交首都师范大学出版社出版，第二年又在台湾出版了繁体字版。杨天石在《中华民国史》第一编出版后，以十多年的时间主持编写《中华民国史》第二编第五卷——《北伐战争与北洋军阀的覆灭》，出版后在海峡两岸学界均获得好评。

1998年，他将多年来根据海外史料所写的论文、札记汇集为《海外访史录》，又将各类随笔汇集为《横生斜长集》，分别出版。杨天石还出版了《民国掌故》、《南社史长编》、《中华文化词典》(副主编)等著作。

胡佛研究院2006年宣布向公众开放蒋介石日记，同时邀请杨天石赴美阅读、研究这些日记。杨天石看到的就是蒋介石日记的缩微胶卷影印件。按照规定，杨天石不得对日记进行翻拍，只能使用阅览室提供的纸和笔进行摘录。第一次去，杨天石在那里待了两个月，翻阅并摘录了1918到1931年的内容。2007年7─10月，他第二次到胡佛研究院，继续研读蒋介石日记。

杨天石作为中国近代史研究专家和蒋介石研究专家，杨天石长期阅读并深入研究保存在大陆和台湾的蒋介石日记的“类抄本”和“仿抄本”，多次赴台湾阅读蒋介石的“大溪档案”，多次赴美、英、日等国阅读与蒋介石相关的历史档案。2006年、2007年，又曾两赴美国斯坦福大学胡佛研究院，阅读并手抄蒋介石日记。他以其一贯的尊重史实、严谨求真的研究态度，对史实条分缕析，不仅告诉我们一个真实的蒋介石，更是要以这些日记为线索，发掘出一个又一个不为人知的历史真相。