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由于与[[小西行长]]、[[石田三成]]等丰臣政权的文治派屡有摩擦，故在秀吉死后开始接近[[德川家康]]。1599年与[[福岛正则]]、[[浅野幸长]]等人共谋杀害[[石田三成]]未遂。1600年关原之战时，站在家康的东军一方，留在九州牵制当地的西军势力。战后论功行赏，获得小西行长的领地，成为肥后52万石的大名。1611年曾到京都二条城，为家康与丰臣秀吉之子秀赖进行斡旋。该年病死于肥后的主城熊本城，得年50。

加藤清正以筑城名家为世人所知，曾参与建筑的包括熊本城、名古屋城、蔚山倭城、江户城、名护屋等等。并曾在领地内倾力进行治水工作。关原战时他虽然站在东军一方，但至死都对丰臣家忠诚，竭力希望能保住丰臣家。