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→有機氮和磷轉化為無機形式
腐殖質湖泊中的有機物主要來自[[陸地]]：在集水區去除的有機物逐漸填滿了這個水生環境。由於這種富含有機物的環境，浮游細菌控制著水生環境和陸地環境之間的養分通量。與普通湖泊相比，腐殖質湖泊的水和沈積物中的[[鈣]]含量顯著降低。它的集水區通常是一片富含泥炭蘚的針葉林，沿水面蔓延。儘管營養豐富，腐殖質湖泊仍被認為是營養貧乏的，因為它們的營養物質被困在有機物中，因此初級生產者無法獲得。
=== 有機氮和磷轉化為無機形式 ===
儘管營養不良，但細菌數量眾多，並且具有巨大的生長潛力。這些細菌通過向其他生物（主要是吞噬和混合營養的[[鞭毛蟲]]）提供能量和提供可用形式的有機和無機碳來驅動腐殖質湖的食物網。細菌對有機物的分解也將有機氮和磷轉化為無機形式，這些無機形式現在可供初級生產者吸收，包括大型和小型浮游植物（ [[ 藻類 ]] 和 [[ 藍藻 ]] ）。
=== 魚類和其他生物難以繁殖 ===
通過有機徑流形成腐殖質湖對湖泊生態系統具有顯著影響。增加湖泊酸度的化學成分變化使魚類和其他生物難以繁殖。用作飲用水的湖泊的質量也隨著碳濃度和酸度的增加而降低。由於有機污染物，適應酸度增加的魚也可能不適合人類食用。重金屬的濃度和流動性也可能因腐殖質湖化學成分的變化而改變。