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1999年，一颗巨大的陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过联合国调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生的巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府——地球统合政府，并开始重建这艘代号为ASS-1的外星太空船。
2009年，统合政府修复了ASS-1，并且改名为SDF-1（Super Dimension Fortress-1，超时空要塞一号，{{黑幕| 在缩写和自卫队相同纯属大雾}} ）“Macross”号。就在“Macross”号重建完成的当天，其主炮突然失控自动发射，并击中了在月球附近出现的外星人战舰，人类和外星人之间的战争就此爆发。
在战争中，青年一条辉阴错阳差地坐上了统合军的VF-1战斗机卷入战斗，并救起了一位名叫[[林明美]]的少女，且与舰上女军官[[早濑未沙]]不吵不相识……围绕在辉、明美与未沙之间却的感情纠葛，也开始介入了战事的发展之中，甚而成为主导後来历史走向的契机……
'''一条辉'''（一条 輝，いちじょう ひかる，Itizyou Hikaru，声：长谷有洋）
男主角，原本是空中特技飞行员，在“Macross”号重建完成时被卷入战火，因为前辈洛伊·福克的关系加入[[地球统合军(Macross)|统合军]]。在战斗中巧遇林明美，后来又爱上了早濑未沙，形成使他非常困扰的三角关系。{{黑幕| 这货因此成为了超时空要塞系列搞三角恋，脚踏两只船的始祖。}}
在洛伊·福克战死后，一条辉继承了福克的骷髗标志（福克的骷髗标志为黄边黑底的白骷髗，一条辉的骷髗标志为红边黑底的白骷髗）并成骷髗小队的队长，最终话中，在“Macross”号以强袭形态的开路下，一条辉以单机冲入天顶星人的旗舰中实行斩首行动而结束了第一次星间战争。
第一次星间战争结束以后，早濑未沙和一条辉结婚，出任人类历史上第一次超长距离移民船团Megroad-01（メガロード-01）的舰长并离开地球。
详见：[[早濑未沙]][[File:1347613725780.jpg|300px|右|thumb|一条辉和林明美]]
'''洛伊·福克'''（ロイ・フォッカー，声：神谷明）