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2006/07球季，曼联签入[[迈克尔·卡里克]]作为莱·坚尼的继承者。曼联在季初表现良好，最终更赢得失落三年的英超冠军。帕特里斯·埃夫拉、内马尼亚·维迪奇、里奥·费迪南德和组成一个牢不可破的后防组合，[[加里·内维尔]]、朴智星和吉格斯组成一个中场组合，而鲁尼和罗纳度则是进攻搭挡。2006年11月6日是弗格森执教曼联20周年，他的新旧球员和老对手温格都赠送纪念品<ref name="Robbins">{{cite web|title=Saviour Robins: Fergie just cannot let go|publisher=ESPN Soccernet, 2006-11-04|url=http://soccernet.espn.go.com/news/story?id=389632&cc=5739|accessdate=2015-06-13}}</ref><ref name="Wenger">{{cite web|title=Wenger: Managers should emulate Ferguson|publisher=ESPN Soccernet, 2006-12-04|url=http://soccernet.espn.go.com/news/story?id=389800&cc=4716|accessdate=2007-01-11}}</ref>。12月23日，[[克里斯蒂亚诺·罗纳尔多]]攻入了弗格森执教曼联的第两千个入球<ref>{{cite web|url=http://www.manutd.com/default.sps?pagegid=%7BF9E570E6-407E-44BC-800F-4A3110258114%7D&newsid=389318 |title=Report: Villa 0 United 3 |accessdate=2007-06-18 |last=Bostock |first=Adam |date=2006-12-23 |publisher=Manchester United F.C. |archiveurl=https://web.archive.org/web/20081224000139/http://www.manutd.com/default.sps?pagegid=%7BF9E570E6-407E-44BC-800F-4A3110258114%7D&newsid=389318 |archivedate=2008-12-24 |deadurl=yes }}</ref>。虽然曼联打进足总盃决赛，但输给切尔西。在欧冠盃上，曼联在淘汰赛阶段主场以7-1血洗罗马，但在半决赛输给AC米兰而无缘决赛。
2007/08球季，弗格森赢得第二座欧冠盃。此赛季弗格森有一些重要收购，包括从拜仁慕尼黑签入中场球员[[欧文·哈格里夫斯]]、葡萄牙藉翼锋[[纳尼]]、巴西藉中场[[安德森·路易斯·迪·阿布努·奥利维拉|安德森]]和阿根廷射手[[卡洛斯·特维斯]]。可是曼联季初表现十分糟糕，但后来居上并赢得联赛冠军，这亦是弗格森第10次赢得英超冠军。夺军后弗格森称此阵容是他在曼联二十一年以来最好的<ref name="BestSquad">{{cite news|url=http://www.telegraph.co.uk/sport/main.jhtml?xml=/sport/2007/11/12/sfnfro112.xml |title=Ferguson: This is the best squad I've ever had |accessdate=2007-11-27 |date=2007-11-12 |work=The Daily Telegraph |location=UK |first=Ian |last=Whittell |archiveurl=https://web.archive.org/web/20071114101451/http://www.telegraph.co.uk/sport/main.jhtml?xml=%2Fsport%2F2007%2F11%2F12%2Fsfnfro112.xml |archivedate=2007-11-14 |deadurl=no }}</ref>。2008年5月21日，弗格森赢得第二座欧冠盃。欧冠盃决赛对战同样是英格兰球队切尔西，双方在法定时间和加时都打成平手，进入互射十二码。大战中虽然曼联的C.罗纳度射失了，但对手的[[ 约翰·泰利|-{zh-hans: 约翰·特里;zh-hk:约翰·泰利;zh-tw:约翰·泰利;}-]]和[[尼古拉·阿内尔卡|-{zh-hans:尼古拉·阿内尔卡; zh-hk:尼古拉·安历卡; zh-tw:尼古拉·安耐卡;}-]]同样射失了，最终曼联以6-5击败对手。赛后弗格森表示会在三年内退下来，意味著2010/11球季可能是他最后一个球季<ref>{{cite news|url=http://www.dailymail.co.uk/sport/football/article-1021771/Queiroz-step-boss-United-Sir-Alex-decides-day.html |title=Queiroz could step up to boss United when Sir Alex decides to call it a day |publisher=Mail Online (UK) |accessdate=2008-05-27 |date=2008-05-25 |location=London |archiveurl=https://web.archive.org/web/20080526090928/http://www.dailymail.co.uk/sport/football/article-1021771/Queiroz-step-boss-United-Sir-Alex-decides-day.html |archivedate=2008-05-26 |deadurl=no }}</ref>。
2008/09球季，曼联再度以英超三连霸姿态夺冠，亦是曼联第十一个英超冠军。这冠军使曼联与利物浦打成平手，同样共夺得18个顶级联赛冠军。12月21日，弗格森带领曼联夺得首座[[世界冠军球会杯|-{zh-cn:世俱杯; zh-hk:世界冠军球会杯}-]]，在决赛以1:0击败[[利加大学体育会|-{zh-cn:基多大学体育联盟; zh-hk:利加大学;}-]]。此外，曼联亦击败热刺夺得联赛盃冠军。球队亦杀进欧冠盃决赛欲再度夺得该奖盃，可惜以2-0不敌巴塞隆纳。弗格森季后表示只要身体许可，就会尽可能留在曼联<ref>{{cite news|url=http://www.dailymail.co.uk/sport/article-1021832/Fergie-wont-retiring-insists-Manchester-United-chief-Gill.html |title=Fergie won't be retiring for some while yet, insists Manchester United chief Gill |publisher=Mail Online (UK) |accessdate=2008-05-27 |date=2008-05-25 |location=London |first=Chris |last=Wheeler |archiveurl=https://web.archive.org/web/20080527092001/http://www.dailymail.co.uk/sport/article-1021832/Fergie-wont-retiring-insists-Manchester-United-chief-Gill.html |archivedate=27 五月 2008 |deadurl=no }}</ref>。
===最后岁月===