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卢佩章1948年毕业于同济大学理学院化学系，同年在同济大学化学系任教。1980年当选为中国科学院学部委员（院士），1985年加入九三学社。曾任中国科学院大连化学物理研究分析化学研究室主任，大连化学物理研究所副所长，中国色谱学会理事长，第五届北京国际分析测试报告会及展览会学术委员会主席等职。

卢佩章主要从事以色谱为主的分析化学研究工作。建国初期，完成了“熔铁催化剂水煤气合成液体燃料及化工产品”项目。为开创中国色谱学科，开展了气相色谱及液相色谱理论、新技术发展及其应用方面的研究。