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1936 年，他受到同為解剖學家的姑丈[[小金井良精]]勸說，帶著妻兒來到臺灣，在臺北帝國大學醫學部（臺大醫學院的前身）擔任解剖學講座教授，並於1939至1941年首次兼任醫學部長，1944年10月再次被推舉出任醫學部長，並擔任過兩屆「臺灣醫學會」會長。1945 年日本戰敗後，森於菟成為「臺北帝國大學」最後一任醫學部長，將醫學部移交給臺灣人，由[[杜聰明]]教授接任新成立的國立臺灣大學醫學院第一任院長及附屬醫院第一任院長，森於菟則繼續留任醫學院解剖學教授，不久後才被遣返回日本。其五男森常治是位文學研究者，於多年後將父親在臺灣的這段經歷寫成《台湾の森於菟》一書<ref>{{cite news | url =https://epaper.ntuh.gov.tw/health/201506/pdf/ story_5.html | title = 臺大醫學院其前身與近代日本文學家族之淵源| date =2015-05 | publisher =epaper.ntuh.gov.pdftw | accessdate =2019-03-29}}</ref>。

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[[Category: ＃参考资料待查＃]]