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北京注协最高权力机构为会员代表大会，理事会为决策机构，秘书 <ref>[https://www.jy135.com/zhichang/69928.html 如何做好秘书工作]，聚优网，2021-12-20</ref> 处为执行机构。同时，为充分实现会员治会、保证决策科学，北京注协按照专业化、年轻化、充分借助行业智力优势的原则，建立了行业发展战略委员会、惩戒委员会、维权委员会、财务报表审计等9个专门（专业）委员会，为专业化自律管理奠定了坚实基础。自2001年以来，北京注协积极探索在社会组织中开展党团工会建设的有效途径，分别成立了行业党委、行业团委和行业工会，形成党团工会齐抓共管、共促行业发展的有效管理模式。

自成立以来，北京注协立足“服务、监督、管理、协调”的建会宗旨，充分履行职责，在行业注册管理、执业监管、继续教育 <ref>[https://www.sohu.com/a/246105472_100219162 重磅！三大政策解读：扶持继续教育 ]，搜狐，2018-08-09</ref> 、人才服务、对外交流等方面开展了大量卓有成效的工作，为北京地区注册会计师行业的健康发展作出了贡献。由于工作成绩突出，北京注协多次获得中注协颁发的“全国注册会计师协会行业工作一等奖”，并于2002年荣获“公益明星单位”称号，2004年荣获民政部颁发的“全国先进民间组织”称号，2011年荣获北京市社会建设工作领导小组授予的“北京市市级‘枢纽型’社会组织”称号，2011年、2016年两次荣获北京市民政局授予的“5A”级社会组织称号，2021年荣获首都文明委授予的首都文明单位称号。