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汕头是我国沿海最早设关的口岸之一。早在1685年（清康熙二十四年）粤海关成立后，即在庵埠设立庵埠正税口，后又相继称庵埠总口、潮州总口。1853年（清咸丰三年），粤海关在汕头妈屿岛设立海关，称潮州新关，辖原庵埠总口及其所辖各口。1860年（清咸丰十年）1月，被洋税务司控制的潮海关成立，亦称洋关，这就是汕头海关的前身。1949年10月24日，汕头解放；25日，军管会接管潮海关，结束了帝国主义 <ref>[http://mt.sohu.com/20160330/n442842113.shtml 什么是帝国主义？ ｜ 俗人荐读]，搜狐，2016-03-30 </ref> 把持潮海关90年的历史。1950年2月，潮海关更名为中华人民共和国汕头海关，直属海关总署。1984年，海关总署决定，汕头海关升格为局级海关，直属海关总署。

汕头海关为正厅级机构，现有副厅级机构1个，正处级机构 53个，副处级机构1个。具体如下：（一）总关内设职能部门（20个）：办公室、人事处、思想政治工作办公室（机关党委办公室）、教育处、离退休干部办公室、缉私局（副厅级）、监察室、法规处、督察内审处、审单处、关税处、加工贸易监管处、监管通关处、综合统计处、技术处、财务处、稽查处、风险管理处、企业管理 <ref>[http://news.sohu.com/a/539177420_121108895 什么是企业管理 ?企业管理定义有三层含义] ，搜狐，2022-04-19</ref> 处、关务保障处。