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1954年5月29日经北京市民政局批准（民社（54）字122号文件），正式成立中国微生物学会北京分会，成为合法的学术团体，并作为“科联”的正式成员参加科联的各项活动。
1954年成立第一届理事会，理事长是协和医院张宽厚，有14位理事。设有细菌组、病理组和寄生虫组，有会员261人。第二届理事会于1955年在原有基础上稍作调整补充，黎希干任理事长，分会活动继续上届的内容和方式。第三届理事会于1956年3月成立，理事长陈正仁，秘书长王用辑，共有15位理事。仍设细菌学组、病理学组和寄生虫学组，工业和农业微生物学 <ref>[https://www.sohu.com/a/20720164_103414 微生物学专业解析] ，搜狐，2015-06-30 </ref> 包括在细菌学组活动。
年学会活动十分活跃，会员增加至300余人。1958年“大跃进”时期，理事会未能改选换届。20世纪 50年代末至60年代初，北京分会理事会虽未换届，但学术活动并未停止。北京分会的日常工作由秘书长 王用楫教授主持。1965年至1977年，北京分会各项工作完全停止。
1978年北京分会活动逐渐恢复，1979年北京分会进行了调整，病理学组与寄生虫 <ref>[https://www.sohu.com/a/330757411_120051605 寄生虫你肯定见过，但是这几个专业概念未必了解] ，搜狐，2019-08-01</ref> 学组各自组织专业学会，不再参加本会活动。1980年，在市科协的领导下修改了学会章程，按规定改为北京市微生物学会。
第四届理事会于1983年成立，陈正仁连任理事长，刘秉阳为副理事长，共有理事24位。为适应当时学科的发展分为工业、农业、医学、兽医四个专业微生物学组，学会会员超过500人。第五届理事会于1987年4月成立，章以浩任理事长，徐浩、辜清吾为副理事长。陈正仁为名誉理事长，张永福任秘书长。五届理事会成立伊始，本会即履行重新登记手续，经审核合格，市民政局向本学会颁发了学会登记证书，证号为京字第82号。